По другим сведениям, матерью Хуана Австрийского была более знатная дама, имя которой осталось тайной, так как она была принцессой крови.
Но кто бы ни была его мать, отец вначале не признал Хуана своим ребенком, и первые годы жизни мальчику пришлось провести на ферме одного богатого крестьянина. Простое деревенское воспитание, частые лишения и трудности первых лет жизни не сделали его характер грубым и жестоким. Напротив, в дальнейшем везде, и на поле битвы, и в светских салонах, его поначалу отличали благородство и изящество манер.
К концу жизни Карл V решил признать Хуана и открыл мальчику тайну его рождения. Он призвал его ко дворцу, щедро наградив крестьянина за заботу о ребенке. Карл V не наделил побочного сына материальными благами, но на смертном одре просил своего сына и наследника Филиппа II, которому дон Хуану приходился братом, позаботиться о молодом человеке и помочь ему получить духовное образование.
Хуан стал воспитываться вместе с Александром Фарнезе и инфантом доном Карлосом в королевском дворце Мадрида. Среди своих сверстников он быстро завоевал авторитет своей ловкостью в играх и военных упражнениях. Никто лучше него не мог усмирять неукротимых лошадей.
По завещанию Карла V, определившего для сына духовную карьеру, дон Хуан три года обучался в университете в Алкале. Однако характер сильного и красивого юноши, склонного к опасным приключениям, не раз побуждал его убегать на военные суда, на которых он в 1564—1568 годах принимал участие в операциях испанского флота против турок и пиратов.
Занявший престол после смерти отца Филипп II относился к младшему брату с любовью и, вопреки воле родителя, решил дать брату возможность стать военным. Вскоре он назначил дона Хуана главнокомандующим в экспедиции против мавританских инсургентов Гренады, но при этом обязал его не предпринимать ничего без согласия военного совета, состоящего при главнокомандующем. Понимая, что в этом случае экспедиция может не достичь поставленной цели, дон Хуан все же настоял на разрешении действовать самостоятельно.
Имея в своем распоряжении армию (24 тысячи человек), к которой примкнули собравшиеся со всех концов Испании волонтеры, дон Хуан в январе 1570 года двинулся к старой крепости Галере. Гарнизон крепости, состоящий из 6 тысяч мавров, оказывал сопротивление до последнего, но 11 февраля 1570 года крепость пала; все ее защитники были изрублены, а сама Галера разрушена до основания.
Весной 1570 года в руки дона Хуана постепенно перешли Альбухара, Серон, Типола, Турчас и вся провинция Рио д'Альмансора. Мавры были изгнаны из Испании, а попавшие в плен были проданы в рабство.