В своей первой войне дон Хуан проявил не только личное мужество, но и военный талант. Однако быстрые успехи вскружили ему голову и развили в нем страшное самомнение, сделав его надменным и доведя его честолюбие до крайних пределов.
При дворе на дона Хуана смотрели как на будущего наследника престола в случае внезапной кончины болезненного дона Карлоса, с которым у него отношения не сложились еще в детстве. Словно подтверждая эти мысли, Филипп II устроил для дона Хуана двор и предоставил ему привилегии, обычно даваемые инфантам.
В 1571 году было совершено нападение турок на принадлежавший венецианцам остров Кипр. Чтобы преградить путь турецкой экспансии на Средиземном море, Филипп II, папа Пий V и Венецианская республика заключили между собой союз, направленный против общего врага; этот союз получил название Священная лига. Вскоре к союзу присоединились Мальта и целый ряд итальянских государств: Генуя, Неаполь, Сицилия, Савойя, Тоскана, Парма и др. Силы союзников насчитывали около 200 галер, 100 кораблей, 50 тысяч пехоты и 4, 5 тысячи конницы. Дон Хуан получил звание главнокомандующего союзным флотом и приказ «вести крест против полумесяца». Сборным пунктом для кораблей союзников был назначен Отранто.
В начале октября корабли союзников вышли в море и у гавани Лепанто в заливе Патраикос встретились с силами турецкого флота под командованием Али-паши, у которого было 210 галер и 66 галиотов.
В начале сражения (6 октября) шесть венецианских галеасов, выдвинутых перед фронтом галер, артиллерийским огнем расстроили боевой порядок турецкого флота, который не имел даже артиллерии. Это вынудило турецкого главнокомандующего идти на абордаж первой линии союзных кораблей. Однако преимущество здесь также было на стороне союзников, встретивших турок, вооруженных лишь холодным оружием и луками, огнем из аркебузов.
К концу сражения турецкий флот потерпел полное поражение, потеряв 224 корабля, из которых 117 было захвачено союзниками. Потери войска дона Хуана не превышали 15 галер. Из неволи было спасено 12 тысяч христианских рабов, томившихся в турецкой неволе. Сражение у Лепанто стало «лебединой песней» галерного флота. Оно показало, что турецких моряков можно побеждать. Однако на сам ход войны победа при Лепанто не повлияла. Антагонизм, царивший между членами Священной лиги, помешал им довести разгром Турции до конца и позволил туркам построить новый флот и удержать остров Кипр.
Победители вернулись в Мессину, и скоро Филипп II охладел к борьбе на Востоке, занявшись другими делами. Он очень подозрительно смотрел на своего младшего брата, стремившегося к самостоятельному положению.