С испанской эскадрой дон Хуан осенью 1573 года высадился на африканский берег, взял Тунис и разрушил Бизерту. Он уже составил план создания здесь собственного государства и надеялся в этом на помощь папы, также желавшего преобразования Триполи в христианское государство, королем которого стал бы дон Хуан. Однако когда дон Хуан обратился к Филиппу II с просьбой признать его королем Туниса, то получил от своего брата не только отказ, но и приказ снести стены Туниса. Король не желал тратить свои силы и средства на защиту такого отдаленного города.
Впоследствии, когда дела отвлекли дона Хуана в Северную Италию, вице-короли Неаполя и Сицилии по приказу из Мадрида сдали туркам не только Тунис, но даже Гелетту, находившуюся в испанских владениях еще со времени походов Карла V.
По окончании войны Филипп II сделал брата генерал-губернатором Милана, а с 1576 года – королевским наместником в Нидерландах. Однако дон Хуан считал эти посты слишком мелкими для себя и мечтал о собственном государстве. Отношения его с Филиппом II резко ухудшились. В нем стало заметно проявление мелкого тщеславия, напоминая всем, что он сын императора. Ранее романтически настроенный, дон Хуан стал теперь бессердечно относиться к своим возлюбленным и к своему многочисленному потомству. Вместе с тем он продолжал лелеять романтические планы освободить находящуюся в заключении в Англии Марию Стюарт и жениться на ней. План этот поддерживал папа, и теперь дон Хуан рассчитывал на его помощь.
Эти мечты рассеялись, когда брат назначил его правителем Нидерландов. Вначале дон Хуан сумел завоевать расположение голландцев, помнивших его отца, к которому они всегда относились с большой симпатией, но затем ситуация осложнилась.
Незадолго до прибытия Хуана в Нидерланды в Генте 8 ноября 1576 года было заключено соглашение между католическими и двумя кальвинистскими провинциями (Голландией и Зеландией) о борьбе за изгнание испанских войск и уничтожение порядков, заведенных здесь герцогом Альбой и его преемниками. От дона Хуана требовалось одобрение этого соглашения и удаление из Нидерландов испанских войск. Лишь после этого он мог быть признан королевским наместником Нидерландов. Вильгельм Оранский вначале советовал арестовать дона Хуана, а затем оставил это намерение и теперь лишь вредил его авторитету.
В январе 1577 года дон Хуан заключил с Генеральными штатами так называемую Брюссельскую унию, преобразованную в феврале в «постоянный эдикт», по которому подтверждалось Гентское соглашение, восстанавливались права и вольности 17 провинций, утверждались права принца Оранского в качестве штатгальтера Голландии и Зеландии. Дон Хуан лишь требовал взамен господствующего положения для католической религии.