А в то время первый боярин Боярской думы князь Мстиславский, извещая Россию о присяге Владиславу, убеждал всех окружной грамотой от 30 августа: «Марину Мнишкову, которая была за убитым расстригой, Гришкой Отрепьевым, и с нынешним вором по московскому государству ходит, государыней московской не называти и смуты никоторне вперед в Московском государстве не делати и отвести ее в Польшу».
Лжедмитрий от огорчения предался разгулу и пьянству, а 11 декабря 1610 года погиб на охоте. Марине пришлось почти окончательно проститься с мечтой о московском троне. Правда, она надеялась, что появившийся вскоре сын, нареченный Иваном, даст ей возможность все-таки остаться царицей. Но ее связь с Заруцким была всем известна, и московские бояре, бывшие при Лжедмитрии II, не захотели служить ни вдове, ни ее сыну, а взяли Марину под стражу и обо всем известили Москву. Марина пишет паническое письмо Сапеге, стоявшему под Калугой: «Освободите, ради Бога, освободите! Мне дают жить только две недели. Вы славны; будьте еще славнее, спасая несчастную. Милость Божия будет вам вечной наградой». Но Сапега от города отошел.
Марину же перевели из Калуги в Коломну, где она содержалась почти по-царски, ибо Ляпунов, лидер первого ополчения, частично признал права ее сына. Тем временем усиливался ее верный сторонник Заруцкий. Вместе с Ляпуновым он возглавил первое ополчение, а потом единолично возглавил все войско. Но в Ярославле и Нижнем Новгороде Пожарский и Минин уже собирали второе ополчение. Заруцкому в нем места не было.
Атаман уходит в Коломну, и «взяв там царицу, отправился с ней в Михайлов», откуда «он в течение лета и зимы дрался с Москвой». Эти полгода убедили его, что на Москве ему правителем не быть, как не быть в ней Марининому сыну царем. Москва начала стягивать против Заруцкого свои силы и в конце сентября 1613 года дала ему генеральное двухдневное сражение, в котором победителей не было. Но все же Заруцкий с Мариной ушел в Астрахань. Здесь Заруцкий вел себя крайне неразумно. Он грабил и убивал без меры, а все грамоты писал от имени «государя царя и великого князя Дмитрия Ивановича всея Руссии, и от государыни царицы и великой княгини Марины Юрьевны всея Руссии, и от государя царевича и великого князя Ивана Дмитриевича всея Руссии». Бунт не заставил себя ждать. Атаман, опасаясь московского войска, решил бежать. Сначала было решено спасаться в глубине страны, потом передумали и решили бежать морем. Но когда опять проходили мимо Астрахани, то их отряд был разбит и лишь Заруцкому и Марине с сыном, да горсти казаков удалось скрыться. Они ушли на реку Урал, где их настигли правительственные войска. И тогда казаки выдали своего атамана, его жену и ее сына. Всех троих привезли в Москву, и даже Марину везли скованной.