Потеряв все свои военные средства, Карл I заперся в Карлсбургском замке и вступил в переговоры с Ирландией и Голландией.
Между тем сторонникам короля в парламенте удалось добиться того, что вся нижняя палата отказалась от борьбы с королем, и таким образом против Кромвеля, стоявшего во главе всей народной армии, оказались не только король, но и обе палаты парламента.
По распоряжению Кромвеля отряд его армии захватил короля в Карлсбургском замке и заключил вначале в замок Гурст, а затем в Виндзор.
Во время пребывания Кромвеля в Шотландии полковник Прайд окружил парламент войсками и арестовал всех противников Кромвеля. Имея в своем распоряжении все военные силы страны, Кромвель твердо решил вести войну до конца. Однако почти целый год он колебался в вопросе о том, предавать ли короля суду.
Лишь 26 января 1649 года верховный суд, учрежденный по предложению Кромвеля, приговорил короля к смертной казни, по исполнении которой страна была объявлена республикой. Палата лордов была уничтожена, законодательная власть предоставлена одной нижней палате, а исполнительная власть вручена государственному совету, избираемому парламентом на год.
Предоставив управление страной палате и совету, Кромвель принял вновь командование над армией и отправился в Ирландию и Шотландию для усмирения вспыхнувших там мятежей. Подавление восстания в Ирландии продолжалось почти девять месяцев и было достигнуто ценою неслыханных жестокостей. Вторжение же Кромвеля в Шотландию явилось самостоятельной войной, главной целью которой был срыв замыслов сына покойного Карла I, пытавшегося вернуть себе престол с помощью шотландцев под командованием Александра Лесли.
Обнаружив, что шотландская армия занимает выгодные позиции и преграждает ему путь к Эдинбургу, Кромвель ограничился лишь прощупыванием сил противника. Находясь почти у цели и испытывая недостаток в снабжении, Кромвель все же удержался от искушения нанести лобовой удар в неблагоприятной для него местности. Подавляя внутреннее стремление к бою, Кромвель воздерживался от активных действий до тех пор, пока не выманил противника на открытую местность, благодаря чему появилась возможность нанести удар по его обнажившемуся флангу. С этой целью он отошел сначала к Массельборо, а затем к Донбару, где пополнил свои запасы.
Через неделю Кромвель двинулся в обратном направлении. В Массельборо он раздал своим войскам трехдневный запас продовольствия и начал глубокий обход через Эдинбургские высоты, выходя в тыл противника. Когда Лесли удалось перехватить Кромвеля в районе Корстофин-Хилл (21 августа 1650 года), Кромвель, несмотря на большое удаление от своей базы, предпринял еще одну попытку обойти противника. Однако Лесли снова преградил Кромвелю путь в районе Гогара, и Кромвель опять не стал принимать бой.