Лишь только Дарий умер, Кир сразу был обвинен в заговоре против брата, вступившего на престол. Он не избег бы смерти, если бы мать не выпросила своему любимцу помилования и не отправила его обратно в сатрапию.
Вернувшись туда, Кир немедленно приступил к тайной организации нового заговора, но действовал очень осторожно. Распустив слух, что соседний сатрап Тиссаферн имеет замыслы против греческих городов в Малой Азии, он стал собирать новый отряд греческих солдат для их защиты. С этой целью он поручил спартанцу-эмигранту Клеарху, Проксену и другим искателям приключений, собравшимся при его дворе, набирать для него войско под предлогом похода против Тиссаферна – все истинные замыслы были тщательно скрыты. Сам «великий царь» Артаксеркс находился в полном неведении относительно намерений брата: он думал, что один сатрап собирается воевать с другим, что случалось нередко, поэтому наемники и не заслуживали его внимания.
О том, что произошло в дальнейшем, мы знаем из «Анабасиса» Ксенофонта. Вероятно, во время похода Ксенофонт вел записи, так как в «Анабасисе» присутствует изобилие подробностей, имен и даже точное расстояние между населенными пунктами по пути следования войска Кира. Отряд греческих наемников составил в нем 13 тысяч человек.
Весной 401 года до н э. Кир выступил в поход против Артаксеркса. Дойдя беспрепятственно до деревни Кунакса (недалеко от Вавилона), его войско встретилось с войском Артаксеркса. В происшедшем здесь сражении Кир был убит, но греческое войско одержало победу. Со смертью Кира для греков исчезла и цель похода. После сражения персы пригласили греческих военачальников к себе как бы для переговоров, но отправили их к Артаксерксу, который повелел их казнить. Греческие наемники рассчитывали на щедрое вознаграждение в случае победы, но остались и без денег, и без предводителей. Надо было возвращаться в Грецию, от которой они были очень далеко, а обратный путь пролегал по территории противника. Они решили с оружием в руках проложить себе дорогу в Малую Азию и возвратиться на родину, выбрав себе новых предводителей, в числе которых, и притом одним из главных, стал Ксенофонт.
Греческая армия начала обратный поход. Отбиваясь от войск персидского царя, ежедневно преодолевая сопротивление местных племен, неся большие потери, греки упорно продвигались к южным берегам Черного моря. После восьмимесячного пути, потеряв около трети своего состава, они достигли греческого города Трапезунда. Позволив себе длительный отдых, наемники снова двинулись в путь – к Армене. Два месяца шли греки до Армены, и два месяца Ксенофонт стоял во главе войска. Затем, вплоть до прибытия в Византий, он постоянно находился на командной должности либо над всем войском, либо над большим самостоятельным отрядом. Используя положение фактического главнокомандующего, Ксенофонт дважды за время похода пытался склонить своих соратников остаться в Понте и основать новое поселение. Вероятно, он рассчитывал на то, что сможет оказаться во главе администрации нового города и таким путем осуществить честолюбивые надежды, которые ранее связывал с участием в экспедиции Кира. Но наемники не желали оставаться в Понте и стремились скорее попасть домой, так что мечтам Ксенофонта сбыться было не суждено.