Зимой 1709 года Петр отозвал Меншикова в Воронеж, а Шереметеву приказал сформировать отряд для действий в тылу противника. Этот отряд должен был одновременно быть и достаточно подвижным и сильным, чтобы его молниеносные действия наносили урон войску шведского короля. Петр I ждал от своего фельдмаршала громких побед. Шереметев, однако, не оправдал его надежд. Военные действия продолжались, впереди была Полтавская битва, ставшая переломным моментом в ходе Северной войны.
4 июня 1709 года под Полтаву прибыл Петр I, взявший на себя руководство боевыми действиями. Перед сражением царь, оставив себе общее руководство, назначил Шереметева главнокомандующим. Решающее сражение (27 июня 1709 года) было скоротечным и закончилось полной победой русских войск. За Полтаву фельдмаршал Шереметев был пожалован деревней Царская Грязь.
Сразу же после небольшого отдыха Шереметев был отправлен в Прибалтику. Его главной задачей стало овладение Ригой. Осада города началась в начале октября 1709 года. В ноябре в осадный корпус приехал с инспекцией Петр I, лично сделавший по городу три выстрела. Царь скоро отбыл в Петербург, приказав корпусу продолжать осаду. В следующем году Шереметеву пришлось не только осаждать город, но и бороться с мором, охватившим как войска, так и жителей города. Рига капитулировала 4 июля 1710 года.
Но еще до сдачи Петр I известил Шереметева о его будущем новом назначении. Назревала война с Турцией, которая готовилась оказать поддержку ставленнику Карла XII Станиславу Лещинскому, претендующему на польский престол.
В ноябре 1710 года султан объявил войну России. Русские войска выступили в поход, но Шереметев покинул Ригу лишь 11 февраля 1711 года, обеспечивая оставленные там войска продовольствием и всем необходимым.
Борис Петрович был назначен главнокомандующим, хотя фактически первым лицом в армии оставался Петр I. Войска для похода не были собраны, но царь торопил события. Шереметев пытался возражать, доказывая, что войска устали после непрестанных походов 1709—1710 годов, не имеют ни продовольствия, ни подвод и ощущают недостаток в боеприпасах. Петр не желал ничего слушать и заставлял главнокомандующего двигаться быстрее. Однако лишь 30 мая армия Шереметева перешла Днестр, а к июню подошла к Пруту.
Численными сведениями о противнике ни Петр I, ни Шереметев не располагали, кроме того, войска Шереметева еще не были соединены с другими частями, подходившими к Пруту. Русские полки остановились в долине реки, где и произошло сражение, продолжавшееся весь день 8 июля и часть следующего дня. Пользуясь численным превосходством, противник почти вплотную подошел к русскому лагерю, но был отражен артиллерийским огнем. Утром 10 июля по приказу Петра I в лагерь турок был направлен парламентер для переговоров о перемирии.