В следующем году была поставлена задача – завершить завоевание Финляндии и утвердиться на побережье Ботнического залива. Гребной флот, который снова возглавил Апраксин, направился к Гельсингфорсу, а парусный вышел под флагом Петра I к Ревелю. Парусный флот должен был прикрывать гребной на случай нападения противника. На подходе к Гельсингфорсу флот Апраксина был встречен шведской эскадрой в составе 16 линейных кораблей и 12 более мелких судов, преградивших проход русской флотилии. Вступить в бой со значительно превосходящим по численности и силе противником Апраксин не решился и, не взяв на себя ответственность за дальнейший ход событий, обратился к Петру. Изучив обстановку, Петр I принимает неординарное решение, ставшее для шведов неожиданным. Используя полный штиль и совершив диверсию в тылу шведского флота, русская гребная флотилия с боем прорвалась мимо шведской эскадры, нанеся последней значительный урон. Сам Апраксин не принимал участия в этом бою, оставаясь во главе резервного отряда кораблей. Эта победа заставила шведов полностью очистить Финский залив и позволила России выйти в Балтийское море. Хотя всей операцией руководил лично Петр I, лавры победителя достались и Апраксину как командующему гребным флотом.
В 1714 году над Апраксиным было назначено первое следствие по обвинению в злоупотреблениях в подведомственных ему частях. Несмотря на то что сам Апраксин был признан невиновным, из-за того, что он допустил злоупотребления среди подчиненных, он был «оштрафован».
Апраксин продолжал командовать гребным флотом и руководил боевыми действиями в районе Або-Оландского архипелага, где шведы продолжали оказывать сопротивление. Часто во главе отрядов гребных кораблей он проводил смелые, дерзкие набеги, и Петр писал ему, чтобы он «не вдавал себя в азарт». Обычно Апраксин отвечал на это, что «он иначе поступать не может, так как шведы, как диаволы, вертятся у Гангута…».
После овладения всей Финляндией Апраксин был поставлен фактически во главе управления занятыми землями, имея ближайшим помощником князя М.М. Голицына, а должность губернатора исполнял граф Густав Отто Дуглас. Сам Апраксин правил Финляндией из Петербурга, сохранив за собой управление краем до 1719 года. В 1716 году, командуя галерным флотом, Апраксин действовал против шведов в Финляндии, а в 1717 году, командуя корабельным флотом в Балтийском море, он произвел высадку на остров Готланд. Высадив на остров десант в количестве 900 человек и не встретив со стороны шведов никакого сопротивления, отряд продвинулся вглубь острова на 5 миль и захватил большое количество продовольствия и скота, предназначавшегося для обеспечения питанием шведских экипажей. Узнав об этой вылазке, Петр I остался весьма доволен действиями Апраксина.