В 1717 году Апраксин занял высшую должность в военно-морском флоте, став президентом Адмиралтейств-коллегий и сенатором. Это назначение положительно сказалось на всех сторонах жизни флота в целом и личного состава в частности, у которого Апраксин пользовался заслуженным уважением и авторитетом.
В 1718 году он становится вторым членом следственной комиссии по делу цесаревича Алексея Петровича. И в том же году «за злоупотребления» он вторично был подвергнут аресту и даже лишению имущества и достоинства, но затем, принимая во внимание его прежние заслуги, дело ограничилось денежным взысканием.
В мае 1719 года граф Апраксин был назначен эстляндским генерал-губернатором и отправлен в Финляндию для руководства армией и флотом. Петр вручил ему инструкцию, которой он должен был строго руководствоваться при проведении операций на побережье Швеции. Впервые за период Северной войны русскому флоту пришлось проводить такие широкомасштабные операции с использованием многотысячных десантных войск и основных сил как гребного, так и парусного флотов. Опыта подобных операций русское командование не имело, поэтому и Апраксин, и все те, кто были привлечены к военным действиям, проводили тщательную подготовку и разрабатывали детальный план операции. Но вся ответственность за действия войск легла на Апраксина. Он привлек местных жителей в качестве лоцманов и детально изучил фарватер, так как сложный рельеф побережья затруднял подходы кораблей к берегу. Проведя тщательную разведку, были разработаны маршруты следования кораблей и места высадки войск. Для зашиты фарватера и мест высадки был выделен специальный отряд судов. Всего в подчинении у Апраксина находилось около 26 тысяч десантных войск, свыше 230 гребных судов различных типов и эскадра парусного флота в составе 21 линейного корабля, 5 фрегатов, 2 бомбардирских кораблей и 12 вспомогательных судов. По плану высадка десанта проводилась на широком фронте севернее и южнее Стокгольма. Операция началась 13 июля 1719 года. Шведы, застигнутые врасплох, оказывали слабое сопротивление, но в некоторых местах, где стояли значительные гарнизоны шведских войск, произошли серьезные бои. Основной удар десанта был направлен на разгром промышленных объектов. Так, в районе между Стокгольмом и Норчепингом, где действовал гребной флот под личным командованием Апраксина, были разрушены заводы по переработке меди и железа, уничтожены рудники и шахты, захвачены или сожжены десятки торговых кораблей. Боевые действия продолжались более месяца. Швеции был нанесен огромный урон. Но, рассчитывая на помощь Англии, шведское правительство не спешило заключить мирный договор с Россией.