В XVI веке наиболее известным представителем этого рода был Борис Иванович Нарышкин – сотник Большого полка, участвовавший в Ливонской войне.
XVII век стал для Нарышкиных не только веком возвышения рода, но и веком больших потерь. Знакомство Натальи Нарышкиной с царем Алексеем Михайловичем состоялось в доме Матвеевых. Ее отец, Кирилл Полуэктович, во время призыва в Москву на «жилецкую» службу свел знакомство с Артамоном Матвеевым, личностью весьма влиятельной и другом детства царя. Брат Кирилла, Федор Полуэктович, вскоре стал супругом племянницы жены Матвеева. Родственные узы стали постоянным пропуском в дом Матвеевых для всех представителей рода Нарышкиных. Наталья Кирилловна, можно сказать, воспитывалась в этом доме, где ее впервые и увидел овдовевший царь.
После свадьбы Нарышкины были щедро одарены. Отец невесты был пожалован в думные дворяне, высокие чины и богатые дары получили и многочисленные родственники новой царицы.
Со смертью царя Федора Алексеевича Нарышкиных ждали суровые испытания. Стрелецкий бунт 1682 года, организованный родственниками первой жены Алексея Михайловича, Милославскими, был направлен против всех представителей рода Нарышкиных. Во время бунта был схвачен и убит брат царицы Афанасий Кириллович. Другой брат, Иван Кириллович, был обвинен в покушении на жизнь Ивана V, выдан стрельцам, и он мужественно принял мученическую смерть в надежде, что его кончина положит конец кровопролитию. Льва и Мартемьяна Кирилловичей пришлось отправить в ссылку. Отец царицы Натальи был пострижен в монахи в Кирилло-Белозерском монастыре, приняв имя Киприан.
С победой Петра I в борьбе с сестрой Софьей опала с Нарышкиных была снята, и они заняли высокие посты при дворе племянника. Большое влияние на молодого царя оказывал Лев Кириллович Нарышкин, сумевший оттеснить на второй план князя Голицына. В 1690 году он встал во главе Посольского приказа, а в период отсутствия государя возглавлял Совет бояр, фактически управляя государством. Он был одним из самых богатых людей, владел заводами в Туле и Кашире, на которых изготавливалась большая часть вооружения и такелажа нового отечественного флота. Потомки Льва Кирилловича составили самую многочисленную ветвь рода Нарышкиных. После его кончины царь Петр I взял под свою опеку старших сыновей дяди – Александра и Ивана, ставших одними из самых активных сторонников преобразований молодого царя.
Наибольшей любовью царя пользовался Александр Нарышкин, которого Петр I ласково звал просто «Львович». Он родился 26 апреля 1694 года, когда страшные события стрелецкого бунта остались уже в прошлом, и законный монарх начал «Россию ставить на дыбы».