За 18 месяцев войны состоялось девять сражений, большинство из которых выиграли рыцари. В 1307 году Рига и Орден заключили перемирие и договор, по которому Ордену перешла часть владений рижан. Не одержав военной победы над Орденом, ливонская церковь попыталась покончить с рыцарями тем же путем, каким в это же самое время во Франции расправились с Орденом Тамплиеров. В 1308 году ливонская церковь подала Папе обвинительный лист, в котором приписывала Ордену неудачу в обращении литовцев, истребление аборигенов, когда те были уже христианами, и т. д. Кроме того, рыцари обвинялись в различных грехах. Например, раненного в бою товарища они якобы добивали, а тело его не хоронили по христианскому обряду, а сжигали, как язычники. Папа отправил комиссию для расследования этой жалобы. Но в отличие от Франции, где сила была на стороне «проклятого» короля, что и предопределило судьбу тамплиеров, в Ливонии дело закончилось ничем. Рижский архиепископ реальной властью (той, которая подкреплена силой) не обладал. Да и Рим был совсем не заинтересован в том, чтобы поссориться с такой мощной военной организацией, как Тевтонский Орден.
Такое развитие событий не устроило Ригу, и она повторно начала судебную тяжбу, на этот раз обвинив Орден в том, что литовцы давно были бы католиками, если бы тому не препятствовали рыцари. Определенный смысл в этом обвинении был: в соответствии с уставом Ордена, его целью было обращение литовцев в христианство, и, следовательно, если бы литовцы приняли крещение, то Орден должен был бы прекратить свое существование. По этой логике Орден действительно не был заинтересован в том, чтобы литовцы стали католиками.
Заметим, никому из современников и в голову не пришло обвинить Орден в том, что ему не удалось установить господство над русскими землями и привести православных схизматиков в лоно католической церкви. Никто не вспомнил и о том, что Орден игнорировал многочисленные буллы, которые якобы требовали от него обратить оружие против православной Руси. И неудивительно: по уставу Ордена его целью было обращение язычников, а не борьба с христианами, и его действия против русских сводились к вынужденной самообороне. Может быть, тевтонцы не соблюдали это положение своего устава? Еще как соблюдали. Часто даже себе во вред. Например, когда литовский князь Миндовг, кстати, союзник Александра Ярославича, спасаясь от неминуемого разгрома, принял крещение, Орден немедленно прекратил военные действия против литовцев, несмотря на то, что Рига убеждала рыцарей, что войну с ними надо довести до победного конца. Как и следовало ожидать, Миндовг воспользовался миром не для изучения Евангелия, а для того, чтобы собраться с силами и начать новую войну с Ливонией. Реальную возможность разгромить литовцев Орден упустил. Навсегда.