Что интересно, некоторое время спустя, узнав о смерти дамасского султана, Фридрих решил воспользоваться моментом и отправился на завоевание Палестины, забыв о морской болезни.
Папа воспользовался отъездом Фридриха и поднял против него мятеж, во главе которого стоял тесть императора. По слухам, распространяемым сторонниками Фридриха, Папа заплатил Ордену Тамплиеров за то, чтобы они организовали убийство императора. С убийством вышел прокол. Тамплиеры сообщили египетскому султану о том, что Фридрих в такой-то день без охраны будет совершать омовение в Иордане. Египетский султан не воспользовался случаем убить или захватить германского императора, а наоборот, переслал ему это послание тамплиеров. Заключив мирное соглашение с султаном, Фридрих вернулся в Европу и разгромил папские войска. Рим, правда, ему взять не удалось, и он был вынужден предложить Папе мир.
В 1239 году, когда татары начали движение в сторону Европы и покоряли Южную Русь, Папа снова отлучил императора от церкви. В анафеме Григорий объявил всех подданных германского императора свободными от присяги и запретил им под страхом смерти повиноваться ему. В ответ Фридрих опубликовал манифест, в котором называл пап кровосмесителями, ворами и убийцами. В этот раз император решил нанести удар по экономике Папского двора и запретил паломничество (один из главных источников его доходов) в Рим. Григория выручила Франция. Людовик Святой предоставил ему двенадцатую долю доходов королевства. На эти деньги Папа собрал новую армию. Тогда Фридрих, одержав ряд побед, осадил Рим. В разгар осады 20 августа 1241 года Папа Григорий внезапно скончался. Его преемник через две недели был отравлен. После этого больше года папский престол оставался вакантным. Фридрих снова осадил Рим. В городе начался голод. Под действием такого весомого аргумента коллегия кардиналов в июне 1243 года выбрала нового Папу – Иннокентия IV. Таким образом, в момент нападения «шведских феодалов» и «немецких рыцарей-крестоносцев» на Русь по указанию Римского Папы эти самые немецкие рыцари осадили резиденцию того самого Папы. Или историю у нас плохо преподают в университетах, или господаисторики беззастенчиво обманывают доверчивый народ.
Что касается противоборства германского императора и Римского Папы, то оно с избранием нового понтифика не закончилась. В 1245 году против Фридриха был провозглашен «крестовый поход». Основные боевые действия вновь развернулись на территории Италии. В 1250 году заклятый враг Рима Фридрих скончался. Борьбу с Папой продолжил его сын Конрад.