В 1928 году умер в селе Холмищи преподобный старец Нектарий Оптинский, а отец Севастиан, исполняя благословение старца, отправился служить на приход: он получил назначение в Ильинскую церковь города Козлова (теперь – Мичуринск) Тамбовской области.
25 февраля 1933 года оптинский иеромонах был арестован и заключен в тамбовскую тюрьму. Тогда же было арестовано более пятидесяти человек духовенства, монахов и мирян. Они обвинялись в том, что создали контрреволюционную церковно-монархическую организацию, ставившую целью “свержение советской власти через организацию восстания”.
“Для этого подготавливали население, обиженное советской властью, – говорилось в обвинительном документе. – В целях большего охвата контрреволюционной деятельностью населения организация посылала своих членов по селам районов с заданием призывать население не подчиняться власти, истолковывая как власть антихриста, не производить посев, не сдавать хлеба, не ходить в колхозы. Ходившие по селам члены контрреволюционной организации собирали более религиозную часть населения, читали Библию, занимались антисоветской агитацией, пророча скорое падение советской власти”.
В тюрьме отца Севастиана заставляли отречься от Христа, ночью выводили в одной рясе на жестокий мороз. На допросе он сказал:
“Я исполнял требы и также давал советы… Ко мне обращались за советом, вступать в колхозы или нет, я говорил: как вам угодно, так и делайте, вам там видней. На все мероприятия советской власти я смотрю как на гнев Божий, и эта власть есть наказание для людей. Такие взгляды я высказывал среди своих приближенных, а также среди остальных граждан, с которыми приходилось говорить на эту тему. При этом говорил, что нужно молиться, молиться Богу, а также жить в любви, – тогда только мы от этого избавимся. Я мало был доволен советской властью за закрытие церквей, монастырей, так как этим уничтожается православная вера”.
К началу лета 1933 года следствие было закончено, и тройка ОГПУ приговорила отца Севастиана к семи годам заключения в исправительно-трудовом лагере по обвинению в участии в контрреволюционной организации. Первое время он работал на лесоповале в Тамбовской области, а затем его направили в поселок Долинка, лагерь под Карагандой, куда он прибыл с этапом в мае 1934 года.
По слабости здоровья отца Севастиана поставили работать сначала хлеборезом, а затем сторожем склада. В ночные дежурства он никогда не позволял себе спать, проводя всю ночь в молитве. Иногда в лагерь привозили кинофильмы, и тогда всех заключенных отправляли в клуб. Отец Севастиан в кино не ходил, прося в таких случаях напарника-сторожа: “Ты иди за меня в клуб, а я за тебя подежурю”.