Первое затруднение, возникшее перед ним, относилось к области иерархических вопросов. Как известно, восточный кесарь был немыслим без патриарха. Дмитрий считал себя кесарем; при таких условиях он ни за что не хотел расстаться со своим духовным alter ego. Еще в начале своей карьеры, в Кракове, он говорил о Московском патриаршестве; он рассуждал как человек, знающий цену этому институту и желающий воспользоваться им в своих интересах. Опыт Бориса Годунова был у него перед глазами. Он и поспешил последовать этому примеру.
Мы помним, что до своего вступления в Москву Дмитрий повелел низложить патриарха Иова. Не мог же ставленник Бориса быть главой русской церкви: на этом посту Дмитрий хотел видеть более надежного человека. Вот почему немедленно по водворении своем в Кремле он созвал епископов, архимандритов и игуменов и «посоветовал» им избрать нового патриарха. Предложение царя было мотивировано ссылками на преклонный возраст Иова и на слабость его зрения. Царь говорил только о благе церкви; он не выдал ничем своих мстительных чувств, ни словом не упомянул о наказании патриарха. Подобная тактика царя несколько примирила с ним членов собора: она хоть отчасти, оправдывала в их глазах суровые меры, принятые против Иова. Сановники церкви не стали противиться убеждениям царя: и на них действовало обаяние его сказочно создавшейся власти. Присутствующие вполне одобрили мысль царя. Они ответили, что признают мудрым рвение благочестивейшего государя и великого князя всея Руси, Дмитрия Ивановича: да совершится воля его; пусть будет так, как он приказал. Как эти, так и последующие подробности сообщает архиепископ Арсений. Это — свидетель-очевидец. Он сам был одним из членов собора и не имеет никаких причин скрывать от нас истину.[22]
Приняв совет царя, епископы собрались в Успенском соборе, где, после обычных обрядов, приступили к выборам. При первом голосовании сан патриарха был сохранен за тем же Иовом. Однако не нужно рассматривать это как серьезный протест против распоряжения царя; скорее, это было последней данью почтительности по отношению к прежнему патриарху. Действительно, на том же собрании решение было пересмотрено. Доводы Дмитрия оказали свое действие. Слепой старец был лишен сана, и все присутствующие, словно по тайному уговору, избрали на его место Игнатия, архиепископа рязанского. Конечно, главным доводом в его пользу и величайшей его заслугой являлась преданность Дмитрию. Протокол избрания был немедленно утвержден царем. Около 10 июля, по вступлении нового патриарха на престол, в Кремле было устроено торжественное пиршество с раздачей подарков. По словам Арсения, епископы вернулись с этого празднества вполне довольные исходом дела.