Впрочем, никто еще не предвидел возможности такого оборота дела со стороны Шуйского, когда 2 июня члены комиссии прибыли в Москву. Весь собранный ими материал был немедленно передан царю. Федор отослал его патриарху Иову, митрополитам и всему собору. В присутствии высшего духовенства и бояр документы, привезенные из Углича, подверглись пересмотру. По прочтении их, первое слово было предоставлено креатуре Годунова, патриарху. Иов был человеком непостоянного и слабого характера. Впоследствии, подобно Шуйскому, и он отрекся от своих слов. Но в данный момент он высказал взгляд, который, очевидно, был составлен им заранее.
По мнению патриарха, материал следствия был достаточно полон и не заключал в себе никаких противоречий. Ясно, как день, что Дмитрий погиб в припадке болезни, а князь Михаил воспользовался этим случаем, чтобы свести со своими врагами личные счеты: так совершилось неслыханное, гнусное злодейство. Вместе с князем Михаилом в преступлении повинны оба его брата, а также все угличане. Патриарх, очевидно, совершенно не признавал ни смягчающих обстоятельств, ни различных степеней виновности. В его глазах все обвиняемые оказывались убийцами, все они должны были отвечать перед судом и понести самую тяжелую кару. Словом, Иов был сторонником массовых мер. Впрочем, ввиду мирского характера всего дела, он смиренно предоставлял его на благоусмотрение царя. Ведь государь обладает неограниченной властью казнить или помиловать, и воля его руководится велением свыше. Что касается его самого, то он, инок Божий, будет неустанно молить всеблагого Создателя за царя и царицу, прося ниспослать им здравие, спасение и мир. Всеми этими заявлениями глава русской церкви, очевидно, заранее развязывал руки Годунову. Мало того, он обещал ему беспрекословное одобрение всех мер, которые тому заблагорассудится принять.
Таков был суд патриарха. Теперь оставалось только санкционировать его приговором самого царя. Трудно сказать, насколько был способен Федор понять то, что происходило; во всяком случае, он предоставил судьям полную свободу действий. Таким образом, все теперь зависело от Бориса Годунова. Обвиняемые попадали в руки беспощадного мстителя. Понятно, что кара, их постигшая, была ужасна; согласно обычаю времени, она становилась тем тяжелее, чем ниже жертвы ее стояли в обществе. Царице Марии пришлось постричься в инокини и искупать в монастырском уединении свой мнимый недосмотр за сыном. Трое братьев ее, которые, по данным следствия, были виновны не в равной степени, все были отправлены в дальнюю ссылку из Москвы: их поселили безвыездно в различные города. Самые жестокие наказания постигли, конечно, простых угличских людей. Все они были признаны в равной мере ответственными за совершенные убийства, поэтому в отношении к ним не знали жалости. Двести человек были казнены смертью, многим отрезали языки; большинству пришлось покинуть родину и ехать в Сибирь, где они и поселились в Пелыми. Суд не пощадил даже колокола, который своим набатом собрал народ ко двору: его сослали в далекий Тобольск. Милостивым приговор оказался лишь для Василисы Волоховой, которая сумела найти версию, нужную следователям и удобную для большинства свидетелей; разумеется, такое же благоприятное положение создано было и для родственников тех лиц, которых во что бы то ни стало хотели изобразить жертвой народной ярости.