Отсутствие в Рейхе вольфрама снижало эффективность длинноствольной 50-мм пушки (её подкалиберный снаряд с вольфрамовым сердечником, имевший начальную скорость 1190 м/с, пробивал 94-мм броню на дистанции в 500 м); поэтому и было принято решение о перевооружении части танков «короткой» 75-мм пушкой KwK 37 с длиной ствола в 24 калибра – для использования их в качестве штурмовых. Перевооружению подверглись 450 машин серии L, позже ещё 215 танков серии М. Лобовая броня башен на этих машинах была доведена до 57 мм, масса башни при этом составила 2,45 т. Эти танки – Ausf.N – стали последней модификацией Pz.III, выпускавшейся серийно.
Помимо боевых, так называемых линейных танков, было выпущено 5 типов командирских общей численностью 435 штук. 262 танка переоборудовали в машины управления артиллерийским огнём. Особый заказ – 100 Pz.III Ausf.M с огнемётами – выполнила фирма «Вегманн» в Касселе. Для огнемёта с дальностью действия до 60 м требовалось 1000 л огнесмеси. Танки предназначались для Сталинграда, но на фронт попали только в начале июля 1943 года – под Курск.
В конце лета 1940 года 168 танков моделей F, G и Н были переоборудованы для движения под водой и должны были использоваться при высадке на английское побережье. Глубина погружения составляла 15 м; свежий воздух подавался шлангом длиной 18 м и диаметром 20 см. Весной 1941 года опыты были продолжены уже с 3,5-м трубой – «шнорхелем». Из танков подводного хода Pz.III и Pz.IV и плавающих танков Pz.II сформировали 18-й танковый полк, развёрнутый в 1941 году в бригаду, а затем – в 18-ю танковую дивизию. Часть машин Tauchpanzer III поступила на вооружение 6-го танкового полка 3-й танковой дивизии. Эти части проходили подготовку на полигоне Миловицы в протекторате Чехии и Моравии.
С июля 1944 года Pz.III применялся и в качестве БРЭМ. При этом на месте башни устанавливалась квадратная рубка. Кроме того, были выпущены небольшие партии машин для подвоза боеприпасов, инженерных. Существовали прототипы танка-тральщика и варианты переделки в дрезину.
Pz.III Ausf.J во время разгрузки с железнодорожной платформы. Восточный фронт, 1942 год. На правом крыле машины – тактический значок 24-й танковой дивизии Вермахта.
Следует отметить, что значительное число высвободившихся в результате переоборудования танковых башен было установлено в качестве огневых точек на различных фортификационных сооружениях, в частности на «Атлантическом валу» и в Италии на «Линии готов». Только в 1944 году на эти цели пошло 110 башен.
Производство Pz.III было прекращено в 1943 году, после выпуска около 6 тыс. танков. В дальнейшем продолжалось лишь производство САУ на его базе.