Все известное нам о жизни Марло с 1587 по 1593 г. говорит о наличии у него вполне достаточных средств. Отношение к нему властей оставалось благосклонным. 18 сентября 1589 г. Марло должен был драться на дуэли с неким Ульямом Бредли. Марло пришел на место назначенного поединка со своим другом поэтом Томасом Уотсоном. Бредли решил сначала скрестить шпаги с Уотсоном, очевидно, считая его более легким противником. Он ошибся - Бредли, правда, удалось ранить Уотсона, но тот нанес в ответ своему противнику смертельный удар. Через несколько дней власти нашли, что Уотсон убил Бредли в порядке самозащиты. Марло и Уотсона отправили в тюрьму - до очередной сессии суда. Однако Марло выпустили уже через неделю под залог, а Уотсон оставался в тюрьме пять месяцев.
Важно отметить, что двоих лиц, которые свидетельствовали против Марло в роковом 1593 г., постигло очень суровое возмездие. При аресте 12 мая 1593 г. драматурга Томаса Кида, жившего вместе с Марло, были найдены бумаги, которые официально обозначены как "порочные и еретические вымыслы, отрицающие божественность Иисуса Христа". Кид утверждал, что бумаги принадлежали Марло, оставлены им два года назад, когда он снимал это помещение, и что они случайно оказались перемешанными с бумагами самого Кида. В своих показаниях Кид уверял, что Марло не раз высказывал при нем богохульные суждения, а также намерение убеждать высокопоставленных лиц принять сторону шотландского короля. Эти показания привели лишь к тому, что
Кида оставили в тюрьме, подвергли пытке за "мятеж и ересь" и выпустили на свободу только в 1594 г., незадолго до смерти. Другой донос был послан, как мы уже знаем, неким Бейнсом. Возможно, что это простое совпадение, но второй обвинитель Марло тоже кончил свои дни в 1594 г. на виселице в Тайберне.
18 мая 1593 г. был издан приказ об аресте Марло, 20 мая того же года в бумагах появилась запись, что Марло предстал перед лордами - членами Тайного совета. Ему было предписано ежедневно являться в помещение Совета до того времени, пока он не получит другого приказания. Сравнительно с наказаниями, постигшими его обвинителей, Марло отделался пока столь легко, что возникает вопрос: не было ли ему просто-напросто предписано ежедневно посещать Тайный совет впредь до получения нового секретного задания? Между прочим, если бы Марло должен был соблюдать это решение, он никак не мог утром 30 мая оказаться в Дептфорде и проводить время в обществе Фризера, Скирса и Пули, которые все трое были явно или неявно агентами секретной службы. В этой связи то обстоятельство, что убийство произошло в месте, где его расследование должен был вести королевский следователь, а присяжными могли быть, вполне возможно, люди из находившегося неподалеку, в одной-двух милях, имения Томаса Уолсингема, должно привлечь особое внимание.