Помимо разведывательной службы иезуитский орден имел и свою контрразведку. Она не была особой организацией - обязанность вылавливать вражеских лазутчиков в собственных рядах обычно лежала на всех иезуитах. С течением времени ордену пришлось опасаться не столько агентов противника в собственном лагере, сколько перебежчиков. По мере того как все более разоблачалось истинное лицо ордена, увеличивалось и число иезуитов, на верность которых орден не мог вполне полагаться, и даже тех, кто открыто покидал его ряды. Особенно опасными были, впрочем немногочисленные, иезуиты, которые не только порывали с прошлым, но и выступали с разоблачением тайн ордена. Именно в отношении них и начинала действовать иезуитская "контрразведка".
Так, в протестантской Голландии стали выходить направленные против ордена сочинения бывшего иезуита Петра Ярриге. Не имея возможности покарать отступника, иезуиты вначале ограничились сожжением его изображения, а также полемическими трактатами. На сторону Ярриге немедленно встали протестанты, и полемика значительно больше повредила, чем помогла, иезуитам, привлекая общее внимание к его разоблачениям. Тогда по приказу генерала ордена словопрения вдруг были прекращены, а в Лейден, где проживал Ярриге, отправилась тайная делегация во главе с отцом Понтелье с целью побудить бывшего коллегу вернуться в "Общество Иисуса". Переодетые иезуиты привезли Ярриге бумагу за подписью генерала, содержавшую полное прощение за все его грехи. Ярриге раскаялся, вернулся в орден и написал опровержение на свои прежние еретические сочинения.
Однако противники иезуитов утверждали, что все это было лишь комедией, разыгранной для сокрытия следов преступления. По этой версии, иезуитские посланцы убили или похитили Ярриге, которого никто из посторонних с тех пор не видел. Иезуиты сообщили, что Ярриге мирно скончался в иезуитской коллегии ордена в Тюле (во Франции), уважаемый и любимый своими духовными братьями. Но вполне вероятно, что его убили или сгноили в темнице еще за два десятка лет до объявления даты "официальной" смерти.
Иезуиты разделили весь мир на области - провинции. Глава иезуитов такой области - провинциал - обычно руководил и секретной службой в этом районе.
Иезуитская разведка была организатором десятков успешных заговоров, восстаний, убийств из-за угла, бесчисленных дворцовых интриг, в ходе которых обделывались важные политические дела, заключались и разрывались союзы между государствами, утверждались у власти или низвергались те или иные придворные клики. Иезуиты прямо или косвенно участвовали в наиболее известных политических убийствах конца XVI - первой половины XVII в.