Таким образом Трокмортон прожил годы правления Марии Тюдор, а уже на другой день после ее смерти получил важные поручения от новой королевы. Он надеялся занять высокий пост в правительстве - стать вторым человеком после Уильяма Сесила. Но его непрошеные советы и рекомендации не были приняты королевой. От этих дней у Трокмортона осталось острое чувство зависти к Сесилу, которое побуждало его принимать сторону противников главного министра, конечно, противников из среды елизаветинской администрации, а не врагов самой королевы. Впрочем, Сесил, закрыв Трокмортону путь к участию в правительстве, охотно согласился предоставить беспокойному сэру Николасу дипломатический пост. В мае 1559 г. Трокмортон был назначен постоянным послом в Париж (в отличие от чрезвычайных послов, направлявшихся с каким-то особо важным специальным поручением).
Трокмортон был сторонником энергичных мер против всех врагов Елизаветы. Эту линию отстаивал фаворит королевы Роберт Дадли, граф Лейстер, тогда как Сесил считал, что выгоднее придерживаться более осторожной и гибкой политики. Однако при всем том Трокмортон старался все же сохранять верность Сесилу как главе британской секретной службы.
Сэр Николае прибыл в Париж, когда в 1559 г. был заключен Като-Камбрезийский мир, который положил конец военному конфликту между Испанией и Францией, длившемуся всю первую половину века. Вдобавок испанский король Филипп II и французский король Генрих II "частным образом" договорились уничтожить еретиков в своих странах. Возникла возможность коалиции двух наиболее мощных католических держав против Англии возможность, которая в течение многих десятилетий считалась в Лондоне наибольшей внешнеполитической опасностью. Обе эти страны обладали средствами давления на Англию - Филипп II владел Нидерландами, торговля с которыми имела чрезвычайно большое значение для британских купцов. Нидерландские гавани были самым удобным местом, откуда армия неприятеля могла достичь английских берегов. Франция имела серьезные позиции в Шотландии. Регентшей Шотландии была вдова короля Якова V Мария Гиз - представительница аристократического рода, который имел большое влияние на французскую политику. А дочь Марии Гиз - Мария Стюарт, которая с детских лет жила в Париже и была обвенчана с французским дофином, являлась королевой Шотландии. Более того, как родственница Тюдоров, Мария Стюарт имела права и на английский престол, которые могли превратить ее в соперницу Елизаветы, поддерживаемую английскими католиками. Притязания Марии Стюарт встречали полное одобрение Гизов.