Конечно, и в этих условиях не обошлось без шероховатостей. Так, Томас Морган, опытный конспиратор, сообразил, насколько опасно для Марии Стюарт быть осведомленной о планах заговорщиков и в случае неудачи подставить себя как соучастницу под топор палача. Морган послал ей два письма, в которых излагались эти весьма разумные соображения. Тем удивительнее, что почти в то же время от Моргана пришло послание с советом прямо противоположного характера - установить связь с заговорщиками. Итак, соблазн оказался слишком велик, и Морган пошел на компромисс - он сам составил, выбирая наиболее осторожные выражения, письмо, которое Мария Стюарт должна послать Бабингтону.
Впрочем, историки давно уже поставили вопрос, было ли оно написано действительно Морганом или же к его сочинению приложил руку Фелиппес. От кого бы ни исходило письмо, содержавшее опасный совет, Мария Стюарт ему последовала. Она, вернее, переписала рекомендованный ей Морганом (если не Уолсингемом) текст, датированный 27 июня 1586 г. Он состоял из нескольких чрезвычайно осмотрительно сформулированных фраз. Впрочем, и здесь нет уверенности, действительно ли они написаны ею или тем же неизменным Фелиппесом. Корреспонденция между Уолсингемом и Фелиппесом, с одной стороны, и Эмиасом Паулетом - с другой, наводит на такие мысли. По крайней мере она свидетельствует об опасениях Паулета, как бы все более наглые подлоги Фелиппеса не вызвали подозрения у заговорщиков и не испортили игру. Еще более сомнительно выглядит ответное письмо Бабингтона, в котором он прямо сообщает Марии Стюарт о намерении убить Елизавету, причем оно позволяет предполагать, что шотландская королева и ранее была в курсе этих планов. Подобной нелепой и ненужной откровенности нет ни в одном из многочисленных заговоров того времени. Таким образом, перед нами - в который уже раз - все тот же вопрос: чье же это письмо: того, чья подпись стоит в конце, - Энтони Бабингтона, или Томаса Фелиппеса, командированного 7 июля 1586 г. в Стаффордшир, поближе к замку Чартли, или еще какого-нибудь сотрудника Уолсингема, тем более что сохранился не оригинал, а лишь копия этого рокового документа? Можно, наконец, предположить, что письмо было действительно написано Бабингтоном, только без вкрапленных в него нескольких фраз о замысле убить английскую королеву, тем более что эти строки выглядят слабо связанными со всем остальным текстом. К последнему предположению подводит и внутренняя противоречивость письма. В нем Бабингтон указывает, что шесть дворян, включая его, убьют Елизавету, в то же время он пишет, что в это время будет далеко от Лондона, около Чартли. Впрочем, в письме излагалось и много других планов, подходивших под понятие государственной измены, - иностранная интервенция, восстание английских католиков.