12 июля "честный человек" доставил письмо Бабингтона Марии Стюарт. Ее секретарь сообщил, что письмо получено и ответ будет послан через три дня. Во время одной из своих верховых прогулок, которые ей специально разрешили, шотландская королева встретила рыжего малого с потупленным взором, внешность которого привлекла ее внимание, о чем она и сообщила в письме Моргану. Это был Фелиппес. 17 июля Мария Стюарт ответила Бабингтону. Если верить тексту письма, представленному на судебном процессе, она одобряла все планы заговорщиков - и способствование иностранной интервенции, и католическое восстание, и убийство Елизаветы. Последнее вызывает сомнение. По крайней мере в письмах, направленных Марией в тот же день Пейджету, Моргану и дону Мендосе, говорилось об интервенции и восстании, но совершенно умалчивалось о предстоящем покушении на английскую королеву. На другой день Фелиппес отослал Уолсингему дешифрованную копию. Мышеловка захлопнулась...
Правда, временами заговорщиков как будто осеняло смутное предчувствие беды, неясное сознание того, что какая-то невидимая рука все больше запутывает незримую сеть, которая должна погубить их. Бабингтон решил съездить в Париж для переговоров с доном Мендосой. Роберт Пули, секретарь Уолсингема, представил заговорщика министру. Бабингтон обещал шпионить за эмигрантами. Уолсингем, выразив свое удовольствие по поводу такого предложения услуг, несколько раз принимал Бабингтона, все оттягивая выдачу паспорта. А Бабингтон имел неосторожность вдобавок показать Пули письмо Марии Стюарт и сообщить, что скоро последует вторжение, убийство Елизаветы и воцарение пленной шотландской королевы.
В августе заговорщики получили известие, что слуга Балларда, знавший все их секреты, был правительственным шпионом...
Бабингтон, пытаясь спастись, отправляет письмо Пули с просьбой известить от его имени Уолсингема, что существует заговор и он готов сообщить все подробности. Проходят часы - письмо остается без ответа. А на другой день утром арестовывают Балларда и еще нескольких заговорщиков. Бабингтон пишет еще одно письмо Уолсингему. Ему сообщают, что ответ последует через день-другой. Вечером, ужиная с одним из сотрудников Уолсингема, Бабингтон заметил, что тому передали записку. Заглянув краем глаза в бумагу, глава заговора увидел, что в ней содержался приказ не выпускать его из поля зрения. Медлить более было нельзя. Он незаметно вышел из комнаты, оставив свой плащ и меч, и помчался к друзьям; переодевшись в платье работников, они попытались скрыться. За ними последовала погоня. Через несколько дней их арестовали. Одновременно был произведен обыск у Марии Стюарт, захвачены секретные бумаги, взяты под стражу ее секретари. Мария была переведена в другую тюрьму, где находилась в строжайшем заключении.