Армия союзников, собравшаяся в начале августа в Донауверте, насчитывала сорок тысяч человек. Примерно столько же, не считая ожидаемой помощи из Нидерландов, было и у императора, в том числе и восемнадцать тысяч иностранного войска, выговоренного им согласно подписанной при его избрании бумаги. Здесь, на Дунае, не было дано ни одного большого сражения. Происходили лишь небольшие стычки, но император давно уже заложил ту мину, с помощью которой он надеялся нанести сокрушающий удар по противнику: по тайному договору он заручился содействием герцога Морица и поручил ему исполнение приговора об изгнании курфюрста, его двоюродного брата, на которое тот был осужден. Предательство совершилось. Мориц вторгся в курфюршество, то есть в тыл протестантам. В протестантском лагере обстановка и так была неблагополучной, но этот удар решил все: армии пришлось разъединиться, то есть оставить императору Верхнюю Германию. Таким образом, он выиграл первую победу, так сказать, не обнажая меча.
Самый сильный из верхнегерманских городов, Ульм, капитулировал, и по условиям капитуляции обязался отказаться от Шмалькальденского союза, возвратить все, взятое незаконно, распустить свое войско, выплатить сто тысяч гульденов пени и впредь повиноваться вновь учреждаемой в нем судебной палате. Так поступили и другие города: Гейльброн, Эслинген, Рейтлинген, равно как и герцог Вюртембергский, сдавший имперским войскам Шорндорф, Кирхгейм и Гогенасперг и выплативший посрочно триста тысяч гульденов, благодаря чему он спас, по крайней мере, Каданский договор.
Кёльн был тоже вовлечен в общее крушение. Архиепископ понял, что не в силах осуществить свою великую миссию и отказался от своей кафедры (январь 1547 г.). В то же время сдался Аугсбург, а затем и четвертый из больших верхнегерманских городов, Страсбург.
Поражение протестантов
Относительно религии умный победитель поставил везде снисходительные условия. Он полагал, что если заранее даст понять главную цель своей политики, то тем самым без нужды усложнит себе свою все же нелегкую победу. Более того, его согласие с папским двором, который умел отравлять жизнь своим друзьям еще более, нежели врагам, было уже нарушено. Собор, созванный весной 1546 года, принял решение совершенно противоречащее взглядам императора. Это собрание итальянских и испанских изуверов вопреки направлению прежних религиозных прений старательно выставляло в самом ярком свете все противоречия в обоих учениях и возвещало свои догматические положения под угрозой проклятия всем отщепенцам. Папа отозвал обратно свои войска из имперского лагеря (март 1547 г.), снова сошелся с французским королем и перевел собор из Триента в Болонью, под ничтожным предлогом наличия в Триенте какой-то эпидемии.