Как флотоводец и полководец Лисандр появился на сцене Пелопоннесской войны в 407 году до н.э. В тот год он возглавил спартанский флот, который нес на своем борту многочисленные десантные отряды.
К тому времени в Пелопоннесскую войну стала активно вмешиваться соседняя Персидская держава, заинтересованная в военном и торговом ослаблении государств эллинского мира. Военный флот под командованием Лисандра за короткий срок значительно увеличился благодаря большим денежным средствам, полученным Спартой от Кира Младшего, персидского сатрапа (правителя), всячески способствовавшего поддержанию междоусобиц на территории современной Греции. Малоазиатские греческие города-государства к тому времени уже находились в вассальной зависимости от Персии.
В 407 году до н.э. спартанский флот, построенный в Эфесе на персидские деньги, уже мог помериться силами с афинским флотом, господствовавшим в Эгейском и Средиземном морях. Лисандр лично наблюдал за строительством кораблей и руководил обучением экипажей.
В том же 407 году до н.э. у мыса Нотий около Эфеса состоялось первое крупное морское сражение в этой войне. Пелопоннесским флотом командовал Лисандр, афинским, который блокировал эфесскую гавань, — Алкивиад, вновь ставший противником Спарты. Основным классом боевых кораблей того времени являлась триера — крупное парусно-гребное судно. Триера могла таранить неприятельский корабль или взять его в морском бою на абордаж. Именно так и развивались события у мыса Нотий, где стоял афинский флот, готовившийся к походу.
К началу боя Алкивиада не было на кораблях военного флота. По всей вероятности, Лисандр знал от лазутчиков об этом и внезапно атаковал неприятеля из-за ближайших к Нотию островов. Афиняне были захвачены врасплох. Триерам Лисандра удалось в ходе сражения вывести из строя 15 вражеских кораблей, после чего афинский флот покинул гавань Эфеса.
После одержанной победы Лисандру пришлось оставить пост флотоводца и передать его Калликрату: законы Спарты разрешали ли командовать флотом только один год.
Тем временем политическим лидером Афин стал демократ Клефонт. Вложив немало сил и средств, афиняне увеличили свой флот до 150 судов и сумели в следующем, 406 году до н.э. одержать морскую победу над Калликратом у острова Лесбос близ Матилены. Афиняне, которыми командовал Канон, в сражении потеряли 25, а спартанцы — 77 триер. Однако это была последняя крупная победа флота Афин над морскими силами Спарты.
Персидский сатрап Кир Младший вновь помог Спарте восполнить потери ее военного флота. По его требованию Лисандр был восстановлен в должности главнокомандующего персидско-пелопоннесских морских сил. Спарте пришлось переступить через собственные законы. На спартанские триеры были наняты моряки из различных греческих городов, а команды усилены воинами, которым предстояло действовать в морском бою в составе абордажных команд. Лисандр стал вновь охотиться за вражеским флотом в Эгейском море.