Решающее морское сражение Пелопоннесской войны состоялось осенью 405 года до н.э. у берегов Фракии. Под командованием Лисандра находилось 170 кораблей. Его противник Канон имел под своим командованием 180 триер. Стороны имели примерно равные силы, и поэтому исход битвы во многом зависел от искусства древнегреческих флотоводцев.
Афинский флот к началу сражения находился в Эгоспотамах, напротив Лимпсака, где стоял пелопоннесский флот. Лисандр вел постоянное наблюдение за Эгоспотамами и в конце концов дождался удобного момента для атаки. Узнав, что небольшая часть афинских триер отделилась от флота Канона, он приказал спартанским кораблям незамедлительно атаковать разделенного в силах противника.
Вновь, как и в сражении у мыса Нотий, спартанцам удалось застать афинян врасплох и взять на абордаж почти все их корабли, стоявшие в гавани, экипажи которых в своем большинстве находились на берегу. Дозорная служба афинян слишком поздно обнаружила приближение вражеского флота. Пленения избежали только экипажи 20 триер. Спартанцы жестоко расправились с побежденными: все захваченные в плен афиняне были убиты.
Поражение при Эгоспотамах положило конец морскому могуществу Афинского государства и приблизило конец Пелопоннесской войны. Теперь на море господствовал флот Спарты.
Будучи дальновидным стратегом, Лисандр поддерживал в малоазиатских греческих городах партии противников Афин и, если было нужно, посылал им в помощь пелопоннесские корабли с десантом спартанских воинов на борту. В захваченных спартанцами фракийских и малоазиатских городах и на островах Эгейского моря создавались олигархические правительства. И, в случае необходимости, оставлялись спартанские гарнизоны. Своими решительными действиями на море и на суше Лисандр скоро добился ощутимого перевеса в ходе затянувшейся Пелопоннесской войны.
После побед на море Лисандр возглавил сухопутные войска Спарты и ее союзников. Во главе их он захватил несколько полисов на Геллеспонте и во Фракии, в которых поставил у власти своих наместников. Круг союзников демократических Афин неумолимо сужался под ударами морских и сухопутных сил Пелопоннесского союза.
В конце концов усилия Лисандра увенчались полным успехом. В 405-404 годах до н.э. флот и армия Пелопоннесского союза осадили Афины с моря и суши.
Афины, защищенные высокими и мощными крепостными стенами, были почти неуязвимы с суши. Однако этого нельзя было сказать об афинских морских воротах Пирее, которые были открыты со стороны моря. Осенью 405 года до н.э. корабли Лисандра блокировали пирейский порт.