В конце 334 — начале 333 годов до н.э. Александр покорил области Карию, Ликию, Памфилию и Фригию (в ней он взял сильную персидскую крепость Гордион), летом 333 года до н.э. — Каппадокию и направился в Киликию. Однако опасная болезнь царя-полководца приостановила это победное шествие македонской армии.
Едва поправившись, Александр через киликийские горные проходы двинулся в Сирию. Персидский царь Дарий III Кодоман вместо того, чтобы ждать противника на сирийских равнинах, двинулся во главе огромной армии ему навстречу и перерезал коммуникации противника. Близ города Исса (современный Искендерун, бывший город Александретта) в северной Сирии состоялось одно из крупнейших сражений в истории Древнего мира. Персидское войско превосходило силы Александра Македонского примерно в три раза, а по некоторым оценкам, даже в десять раз. Обычно в источниках указывается цифра в 120 тысяч человек, из них 30 тысяч греческих наемников. Поэтому царь Дарий и его военачальники не сомневались в полной и быстрой победе.
Персидское войско занимало удобную позицию на правом берегу реки Пинар, пересекавшей равнину Исса. Незаметно обойти ее с флангов было просто невозможно. Царь Дарий III, по всей видимости, решил устрашить пришельцев в свои владения одним видом своего огромного войска и добиться полной победы, будучи уверен в своей мощи. Поэтому он не стал торопить события в день битвы и отдал противнику инициативу начала сражения. Это дорого ему обошлось.
Александр первым начал атаку, двинув вперед фалангу копьеносцев и конницу, действовавшую на флангах. Тяжелая македонская конница (кавалерия "товарищей") под командованием самого царя ринулась в атаку с левого берега реки. Своим порывом она увлекла в битву македонцев и их союзников, настроив на победу. Сперва Александр не мог добиться видимого успеха над огромным вражеским войском. Но в конце концов победа была одержана во многом благодаря тому, что македонский царь лично возглавил удар в самый центр неприятельской позиции, где на возвышении находился Дарий со своими сатрапами.
Ряды персов смешались, и они обратились в бегство. Вновь, как и на реке Граник, первой побежала с поля битвы многотысячная персидская легкая конница. Дольше всего бились греческие наемники Дария, чья фаланга находилась в самом центре персидского войска. Здесь противоборство шло с таким огромным упорством, что Александру пришлось бросить в гущу битвы собственных телохранителей. Македонская конница долго преследовала бежавших, но поймать Дария так и не смогла. Персидские потери были огромны, возможно, более 50 тысяч человек.