Несмотря на это, Цезарь отправился с частью своей армии из Греции в Египет, чтобы покончить с остатками оказавшихся за морем помпеянских войск. Там ему пришлось сразиться с молодым Птолемеем XIII, правившим Египтом вместе со своей сестрой Клеопатрой. Римлянам пришлось выдержать до прибытия подкреплений тяжелую осаду в Александрии, после чего цезарианцы разбили египетскую армию на берегу Нила. В сражении погиб царь Птолемей XIII, после чего война в Египте закончилась.
В Египте у Гая Юлия Цезаря начался бурный роман с царицей Клеопатрой. Находясь под влиянием умной и образованной египетской царицы, полководец в 47 году до н.э. всего за пять дней разгромил непримиримого врага, понтийского царя Фарнака.
Поскольку Клеопатра значилась в числе союзников Древнего Рима, а царь Понта не входил в их число, Юлий Цезарь без ложной скромности отправил в Вечный город лаконичное донесение о еще одной победе римского оружия: "Пришел, увидел, победил".
После смерти Помпея его партия и партия сената далеко не были сломлены. Немало было помпеянцев в Италии; опаснее были они в провинциях, особенно в Иллирии, Испании и Африке. В январе 46 года до н.э. помпеянцы Лабиен и Петрей при поддержке нумидийской конницы царя Юбы едва не уничтожили три легиона цезарианцев в бою при Руспине. В апреле 46 года до н.э. десять легионов Цезаря одержали победу над превосходящими силами помпеянцев (14 легионов, не считая легкой вспомогательной пехоты и конницы и 100 боевых слонов) у Тапса. Находясь под впечатлением этой победы, римский сенат назначил Гая Юлия Цезаря диктатором Древнего Рима сроком на десять лет.
Последняя битва между помпеянцами и Юлием Цезарем (а в его полководческой биографии она оказалась вообще последней) произошла под Мундой 17 марта 45 года до н.э. Цезарь продемонстрировал большое искусство командования своей испытанной в войнах армией. Она нанесла помпеянцам сокрушительное поражение, потеряв всего одну тысячу человек. Помпеянцы потеряли под Мундой 30 тысяч человек, в том числе своих военачальников Лабиена и Атия Вара.
Гибель Гнея Помпея-младшего положила конец гражданской войне в Римской республике, поскольку помпеянцы, деморализованные полным военным разгромом, прекратили сопротивление. В 44 году до н.э. сенат объявил Цезаря пожизненным диктатором Рима.
Достигнув всей полноты государственной власти в Древнем Риме, Юлий Цезарь мог сказать о себе и своих предках:
"Род моей тетки Юлии восходит по матери к царям, по отцу же — к бессмертным богам: ибо от Анка Марция происходят Марции-цари, имя которых носила ее мать, а от богини Венеры — род Юлиев, к которому принадлежит и наша семья. Вот почему мой род облечен неприкосновенностью, как цари, которые могуществом превыше всех людей, и благоговением как боги, которым подвластны и самые цари".