Подтвердили они и догадки израильтян о том, что симпатии угандийских властей явно не на стороне заложников. Значит, на помощь Иди Амина рассчитывать не приходилось. Более того, при осложнении ситуации он мог выступить в защиту террористов.
Учитывая все разведданные, сложившиеся обстоятельства, штабом была разработана спецоперация.
Генерал Дан Шамрон получил в свое командование добровольцев из 35-й парашютной бригады, группу разведчиков из бригады «Голани» и подразделение «Сайярет миткал».
«Моссад» также задействовал свою агентуру в Уганде и Кении.
Участники операции были разделены на несколько групп: штурмовая, блокирования, уничтожения, обеспечения, заправки.
Штурмовой группе предстояло осуществить захват здания аэропорта и освободить заложников, блокирующей — перекрыть вероятные пути подхода подразделений угандийской армии, группе обеспечения — снять часовых и патрули у здания терминала и провести зачистку территории, группе уничтожения — заминировать и подорвать угандийские «МиГи», дабы исключить в последующем преследование и воздушный бой.
Подразделение заправки должно было находиться в районе аэропорта столицы Кении — Найроби и обеспечить заправку самолетов. В случае отказа — захватить аэродром. Для этого израильские коммандос срочно осваивали специальность аэродромных заправщиков.
Сложнейшая задача стояла перед пилотами самолетов «Геркулес» и «Боинг-707». Им предстояло без помощи с земли, вслепую сделать посадку и взлететь с аэродрома Энтеббе.
3 июля кабинет министров Израиля принял окончательное решение на проведение операции. Через час, в 15.00 с базы израильских ВВС «Офира» стартовали несколько самолетов: четыре «Геркулеса» и два «Боинга-707». В «Геркулесах» находились бойцы спецподразделений, а также их автомашины, оружие, боеприпасы.
В первом «Боинге-707» к месту операции перебрасывался штаб во главе с генералом Шамроном, узел связи. Этот летающий командный пункт должен был постоянно находиться в воздухе и координировать боевую работу всех групп.
Второй «Боинг-707» взлетел с авиабазы позже на два часа. Этот самолет переоборудовали под госпиталь с медицинским персоналом на борту.
Авиационное крыло израильской армии летело над водами Красного моря в режиме полного радиомолчания. Самолеты снизились на малой высоте, преодолели территорию Эфиопии и Кении. Опасения Израиля не оправдались: правительство Кении согласилось на перелет, а также на посадку и дозаправку в аэропорту Найроби.
Чтобы обмануть бдительность диктатора Иди Амина, ему сообщили, что Тель-Авив согласился на требования террористов и на аэродром в Энтеббе направляется самолет из Израиля с освобожденными из тюрем палестинцами. Как показали последующие события, дезинформация сработала.