Первым начальником Региструпра был назначен член РВСР Семен Иванович Аралов, бывший штабс-капитан, член партии большевиков с 1918 года.
Помимо бегства примерно половины бывших разведчиков — генералов и полковников к белым, не обошлось без предательства и в самом Региструпре. Латышский полковник А.И. Эрдман, один из руководителей савинковского «Союза защитников Родины и свободы», под видом лидера поддерживающих советскую власть анархистов под фамилией Бирзе, втерся в доверие к Ф.Э. Дзержинскому. Тот назначил Бирзе одним из руководителей Региструпра — «представителем ВЧК», которого как огня боялись все военные. Для своей контрреволюционной деятельности он использовал документы и деньги Региструпра. Ему удалось спровоцировать так называемый Муравьевский мятеж, он способствовал расколу между большевиками и левыми эсерами, а затем и внутри самих большевиков, всячески запугивая «левых коммунистов» и левых эсеров германской угрозой. Ему удалось избежать разоблачения, и вся история вскрылась лишь в 1920 году.
Но у молодой военной разведки были и успехи. Разведчику П.Р. Акимову удалось проникнуть в польскую контрразведку, Я.П. Горлов внедрился в главный штаб польской армии; им удалось вскрыть польскую агентурную сеть в полосе Западного фронта.
В конце Гражданской войны начальник разведывательного пункта Туркестанского фронта В.В. Давыдов организовал похищение атамана Дутова из его штаба, находившегося в Китае. Правда, обстановка сложилась так, что Дутова пришлось застрелить, но эта операция сорвала планировавшееся вторжение белоказаков.
Иногда военным разведчикам удавалось добывать сведения чрезвычайной важности. Например, в июле 1919 года разведорганы Южного фронта сообщили в Региструпр, что «ближайшей задачей Деникина является удар на Курск—Орел—Тулу».
* * *
По мере укрепления аппарата Региструпра новыми кадрами (в основном это были латышские коммунисты), старые разведчики-военспецы все более удалялись от решения важных оперативных вопросов. В конце концов их сконцентрировали в так называемом «Консультантстве», где они занимались в основном бумажной работой: разработкой и классификацией заданий по разведке; обработкой сведений и составлением сводок по получаемым с мест донесениям; изучением иностранной печати и составлением по ней сводок; разработкой разного рода инструкций, наставлений, а также переводом иностранной литературы и т.п.
Естественно, что такая работа, а также зачастую открыто выражаемое им недоверие вызывало у некоторых недовольство. К тому же «тянуло» прошлое, сохранялись и личные связи с коллегами, перешедшими на сторону белых. Среди консультантов Полевого штаба РСФСР было раскрыто несколько заговоров против советской власти.