Но самое крупное, так называемое «дело Полевого штаба» возникло в июле 1919 года. До сих пор остаются загадкой причины возникновения и затухания этого странного дела и роли в нем И.В. Сталина. А произошло следующее. В начале июля 1919 года Особым отделом ВЧК (а мы помним, что Сталин был членом Коллегии ВЧК, и серьезные вопросы без него не решались) был арестован действующий главнокомандующий Вооруженными силами Республики бывший полковник царской армии И.И. Вацетис. Одновременно были арестованы находившийся в распоряжении главкома бывший капитан Доможиров, начальник разведывательного отделения Полевого штаба бывший капитан Кузнецов, консультант разведывательного отделения Григорьев, сотрудник для поручений при начальнике Полевого штаба бывший штабс-капитан Александр Кузьмич Малышев и порученец при главкоме бывший капитан Исаев.
Всего за полтора месяца до этого события Сталин вместе с Вацетисом организовывал оборону Петрограда от Юденича. В Питер он приехал 19 мая, когда наступление белых успешно развивалось. В тот же день собрал совещание, на котором с Вацетисом, Зиновьевым и другими обсудил обстановку. Были приняты важные решения. Не обошлось без конфликта: Вацетис, поддержанный Троцким, исходя из соображений экономии топлива, приказал сократить число действующих кораблей, в первую очередь линкоров. В Кронштадте моряки резко опротестовали это решение, после совещания Сталин принял их сторону. Мотивы: лишенные топлива линкоры не смогут стрелять, так как между движением корабля и движением пушки есть прямая связь. Ленин поддержал позицию Сталина. Приказ Вацетиса был отменен, мощные линейные корабли своим артогнем немало способствовали обороне Петрограда.
Еще в дни боев за Петроград Сталин в беседе с корреспондентом «Правды» утверждал: «…противник рассчитывал… не столько на свои собственные силы, сколько на силы своих сторонников — белогвардейцев в тылу у наших войск, в Петрограде и на фронтах… Юденич надеялся на „продажную часть русского офицерства, забывшую Россию, потерявшую честь и готовую перекинуться на сторону врагов Рабоче-крестьянской России“.
Это недоверие к «бывшим» оставалось в нем постоянно.
После того как угроза падения Петрограда была предотвращена, Сталин 3 июля 1919 года вернулся в Москву. Пять дней Сталин провел в Москве. Видимо, этого времени вполне хватило для подготовки акции, направленной не столько против Вацетиса, сколько против Троцкого. По этому поводу существует версия, высказанная А. Колпакиди и Дм. Прохоровым в их книге «Империя ГРУ».