Как видим, никаких серьезных доказательств вины арестованных в докладе Павлуновского не приводилось. Поэтому вскоре дело «главного виновника торжества» Вацетиса было передано во ВЦИК, президиум которого 7 октября 1919 года вынес следующее решение: «Поведение бывшего главкома, как оно выяснилось из Данных следствия, рисует его как крайне неуравновешенного, неразборчивого в своих связях, несмотря на свое положение. С несомненностью выясняется, что около главкома находились элементы, его компрометирующие. Но, принимая во внимание, что нет оснований подозревать бывшего главкома в непосредственной контрреволюционной деятельности, а также принимая во внимание бесспорно крупные заслуги его в прошлом, дело прекратить и передать Вацетиса в распоряжение Военного ведомства».
Надо было делать что-то и с окружением Вацетиса. Этот вопрос рассматривался на заседании Политбюро ЦК РКП(б) 6 ноября 1919 года:
«Слушали:
18. Предложение тт. Дзержинского и Павлуновского применить объявленную ВЦИК амнистию к арестованным в июле месяце по делу Полевого штаба генштабистам Доможирову, Малышеву, Григорьеву и Исаеву, причем последнему не давать никаких ответственных назначений.
Постановили::
18. Принять с тем, чтобы а) ответственных назначений не давать никому».
Таким образом, в связи с объявленной ВЦИК 4 ноября амнистией, 7 ноября были амнистированы Е.И. Исаев, Н.Н. Доможиров и Ю.И. Григорьев. В этот же день Б.И. Кузнецова и А.К. Малышева освободили под подписку о возвращении к месту службы. Наспех состряпанное дело «Полевого штаба» лопнуло.
Вот что по этому эпизоду пишет Троцкий: «Оба они (Вацетис и Каменев С.С.) были полковниками Генерального штаба старой царской армии… Вацетис был упрямее, своенравнее и поддавался несомненно влиянию враждебных революции элементов… К Вацетису, который официально осудил его вмешательство и стратегию, Сталин относился с ненавистью и ждал случая, чтобы отомстить ему… Но тут ввязался эпизод, смысл которого остается не вполне ясным для меня и сейчас: Вацетис оказался арестован по подозрению в измене.
8 июля я получил на Южном фронте в Козлове шифрованную телеграмму о том, что изобличенный в предательстве и сознавшийся офицер дал показания, будто бы Вацетис знал о военном заговоре… За спиной Дзержинского в этом деле стоял видимо Сталин. Так как Вацетис был вскоре освобожден и впоследствии стал профессором Военной академии, то, я полагаю, осведомленность его о заговоре была весьма сомнительной. Весьма вероятно, что… он вел неосторожные беседы с близкими к нему офицерами… Вполне допустимо, однако, что в аресте Вацетиса играл роль Сталин, который таким образом мстил ему за некоторые старые обиды… Вацетиса вскоре освободили. Но отношения в Политбюро напряглись: за эпизодом ареста явно чувствовалась интрига… Сталин… взял реванш».