Дело в том, что после скоропостижной смерти Якова Свердлова, соратника Ленина, его место фактически занял Троцкий. Это вызвало ревность у друживших в то время Григория Зиновьева и Иосифа Сталина. Они использовали Дзержинского для того, чтобы натравить его на Троцкого и, с одной стороны, скинуть близкого к нему главкома Вацетиса, а с другой — отобрать у Троцкого и передать в ведение ВЧК военную разведку. Дзержинский был заинтересован в том, чтобы объединить разведывательные ведомства под одной крышей, что давало возможность лучше организовать и контролировать их работу. Проведение этой операции объяснялось и тем, что среди старого офицерства, работавшего в Полевом штабе, далеко не все были преданы советской власти.
Итак, в ночь с 8 на 9 июля 1919 года был нанесен удар по Полевому штабу, а 9 июля Сталин выехал на Южный фронт. Сразу же после произведенных арестов Троцкому, находившемуся на фронте, была направлена телеграмма:
«Вполне изобличенный в предательстве и сознавшийся Доможиров дал фактические показания о заговоре, в котором принимал деятельное участие Исаев, состоявший издавна для поручений при главкоме и живший с ним в одной квартире. Много других улик, ряд данных, изобличающих главкома в том, что он знал об этом заговоре. Пришлось подвергнуть аресту главкома.
Дзержинской, Крестинской, Ленин, Склянский».
По горячим следам заместитель председателя Особого отдела ВЧК И.П. Павлуновский подготовил доклад по «делу о белогвардейской организации в Полевом штабе РВСР»:
«Арестованная в ночь с 8 на 9 июля с. г. группа лиц Полевого штаба в составе: для поручений при главкоме Исаева, начальника разведывательного отделения Кузнецова, для поручений при начальнике штаба Малышева и преподавателя Академии Генерального штаба Григорьева по данным следствия ставила перед собой следующие задачи:
а) Установление связи со штабами Деникина и Колчака.
б) Свержение советской власти путем внутреннего переворота;
в) Захват аппарата управления армией в свои руки под видом воссоздания Генштаба…
Следствием установлено, что белогвардейская группа Полевого штаба находилась в первоначальной стадии своей организации, то есть она только что создавалась, намечала свои задачи и планы и приступила лишь к частичной их реализации, причем была еще настолько невлиятельна, что ее нахождение в Полевом штабе не отражалось на ходе операций на фронтах.
Таковое положение могло продолжаться лишь до момента установления связи со штабами Колчака и Деникина. Очевидно, что с установлением этой связи, которая, по словам Григорьева, имелась бы «недели через две», роль организации существенно изменилась бы и нахождение ее в Полевом штабе уже безусловно отражалось бы на развитии операций на фронтах, возможность этого влияния предупредил арест белогвардейской организации 9 июля сего года».