В нижнем слое раковин, а то и в нижнем слое земли часто встречаются захоронения, сохранившиеся именно благодаря раковинам. Вероятно, покойников клали в специально вырытые в раковинных кучах неглубокие ямы — их делали даже несмотря на то, что подготовка таких ям была трудным и малоприятным делом. Считается, что эти захоронения производились в то время, когда куча уже существовала. А погребения и ямы от жилищ, находящиеся под слоем раковин, возможно, по времени очень близки к началу закладки кьёккенмёдинга, или, как считают некоторые, остались от ранее живших на этом месте людей. Когда раковинная куча устроена непосредственно на полу постройки, это говорит о том, что она была заложена сразу же после того, как дом был покинут его обитателями. Люди могли оставить его по целому ряду причин, однако иногда создается впечатление, что кьёккенмёдинги просто вытесняли жилые дома и люди вынуждены были переносить свое жилье подальше от раковинных куч.
Значительную часть года древние люди жили в полуземлянках. Это было вызвано необходимостью: в Тохоку и на Хоккайдо, где к настоящему моменту найдено много таких жилищ, довольно холодный климат. Нет сомнения, что в дальнейшем при раскопках будут обнаружены и другие жилища. В горах Канто и Тюбу люди обычно строили себе именно такое жилье. Типичная полуземлянка имела длину от 4,5 до 6 метров и почти такую же ширину, пол находился на глубине более 70 сантиметров от поверхности земли. В землю вкапывали 4 или больше столба, между собой их соединяли поперечными балками в количестве 4 или более штук. Затем по сторонам будущего дома устанавливали жерди. Их вкапывали под наклоном, так, что верхние концы одного ряда жердей скрещивались с верхними концами противоположного ряда. Сверху на скрещенные концы горизонтально клали еще одну жердь (рис. 3). Жерди и балки связывали между собой и покрывали корой или листьями деревьев, а иногда землей. Вход в дом в ранних жилищах представлял собой обычный лаз, а в более поздних — дверной проем, оборудованный при помощи двух жердей и имевший выступавший над ним навес. Изнутри дома к выходу вела наклонная насыпь. Снаружи постройку окружали водоотводной канавкой. Как правило, существует закономерность: чем сложнее устроен вход в жилище, тем к более позднему периоду оно относится. В некоторых домах полы вымощены большими гладкими камнями (этот вариант особенно предпочитали в гористых районах). В среднем периоде эпохи Дзёмон и позднее рядом с центром дома делали очаг. Жилища этого периода находят чаще всего, обычно это небольшие поселения из 15 и более домов.