Жилищ раннего Дзёмон известно очень мало, причем необязательно это объясняется более теплым климатом в тот период. Скорее причина состоит в меньшей численности населения и, соответственно, в целом в небольшом количестве сохранившихся археологических памятников. Также нельзя не принимать во внимание, что люди раннего Дзёмон пользовались самыми примитивными орудиями труда, с помощью которых они рыли свои полуземлянки, и, соответственно, результаты их труда оказались менее долговечными. В Хаямидзудаи в префектуре Оита найдена яма от полуземлянки площадью около 4,5 квадратных метров, относящаяся, вероятно, к очень раннему периоду. В период Каяма на равнине Канто жилища имели примерно квадратную форму и закругленные углы, очагов в них еще не было. В период Мороисо дома впервые приобрели округлую форму, однако многие хозяева предпочитали придерживаться более традиционных форм (рис. 3, б). Количество ямок от столбов и шестов в прямоугольных жилищах раннего Дзёмон сильно варьируется — их бывает от 20 до 40 (рис. 3, а). Судя по всему, длина построек иногда увеличивалась — вероятно, это было связано с ростом числа членов семьи или было вызвано какими-то чрезвычайными обстоятельствами. Яма жилища D из группы В в деревне Фукуока, графство Ирума, префектура Сайтама, принадлежала одной из самых больших известных на данный момент жилых построек, ее размеры — 7,4 метра в длину и 6,7 метра в ширину. Строение имело сложную систему канавок и входов и, вероятно, неоднократно достраивалось — об этом можно судить по тому, что переносились места очагов. Четыре раза расширяли и другое жилище, обнаруженное под раковинной кучей Симайбата на территории Большого Токио. В остатках строения размерами всего 4,5 х 4,2 метра была найдена керамика раннего Дзёмон нескольких типов (Ханадзуми, Секияма и Мороисо), а также 9 очагов различной формы. Очевидно, все это означает, что прямоугольная форма многих жилищ не была результатом воплощения первоначальных планов строителей и стихийно появлялась в процессе жизни. Судя по остаткам немногих сохранившихся жилищ раннего Дзёмон, частью внутреннего убранства помещения были деревянные полки, которые устанавливались на деревянных опорах. Очаги, которые находят сравнительно редко, имеют овальную форму и обложены камнями, обычно они расположены в западной или центральной части помещения. Квадратные жилища обычно ориентированы с востока на запад.
В общинах среднего периода эпохи Дзёмон в центральной и западной частях равнины Канто и в центральных горах, вероятно, существовало своеобразное разделение труда: кто-то занимался охотой, кто-то рыболовством, кто-то собирательством, а при возникновении необходимости, возможно, были и специальные группы для защиты поселения. Большинство общин располагалось на высоких берегах рек, поблизости от источников воды, но вот одна община в Кусабане, княжество Ниситама, неподалеку от Большого Токио, находится далеко от источника воды — реки Хираи. Вероятно, жить в этом месте было не очень удобно. Поэтому невольно приходит мысль о том, что люди поселились там не по своей воле и что это было своего рода изгнание.