Поискали и хватит
9 января закрылся один из крупных проектов распределенных вычислений — Find-a-Drug.org, который был создан в апреле 2002 года для компьютерного моделирования новых лекарств.
За прошедшие почти четыре года он так и не стал лидером среди систем распределенных вычислений по числу участников (в рекордсменах ходят SETI@home со своим поиском радиосигналов инопланетян, и Grid.org, моделирующий лекарства от рака). Тем не менее FaD удалось привлечь достаточное количество энтузиастов, чтобы несколько лет обсчитывать серьезные задачи.
Напомним, что суть компьютерного поиска новых лекарств состоит (упрощенно) в следующем. Ученые-медики составляют список «мишеней», которые нужно поразить. Как правило, это белки, чьи молекулы очень велики и имеют сложную трехмерную структуру. Ученые знают, что эти белки играют ключевую роль в заболевании, и предполагают, что если к ним присоединить другую молекулу, их свойства изменятся и развитие болезни в организме остановится. Далее берется огромная библиотека моделей химических веществ-кандидатов и моделируется их взаимодействие с белком-мишенью. Специальные алгоритмы оценивают, насколько прочно молекулы могут соединяться с мишенями, и если этот показатель достаточно велик, значит, реакция возможна и в реальном мире.
Подобное моделирование можно вести с разной точностью, но в любом случае оно требует гигантских вычислительных ресурсов. Find-a-Drug использовал в своей работе симуляционный алгоритм THINK, аналогичный проекту GRID.org, но оптимизированный под свои задачи. В разное время просчитывались белки, участвующие в развитии малярии, СПИДа, рассеянного склероза, некоторых форм рака, болезни Кройцфельда-Якоба (коровьего бешенства) и атипичной пневмонии.
Всего в проекте было обработано 250 «мишеней», для поражения которых на машинах участников было проверено более 68 млрд. реальных и пока еще не созданных молекул. 330 млн. молекул показали возможность реакции с белками, так что для лабораторных экспериментов в реальных пробирках очерчено достаточно широкое поле. Ранее администрация Find-a-Drug сообщала, что контрольные проверки моделированных данных в лабораториях «значительно превосходили ожидания».
Закрытие проекта вызвано необычной причиной. У медиков закончились данные, и они, цитируем: «…пришли к выводу, что у нас недостаточно заслуживающих внимания целевых белков, чтобы оправдать продолжение вычислений в 2006 году. Опыт показывает, что для других белков найти партнеров, заинтересованных в результатах исследований, будет очень сложно». Интересно, что к моменту закрытия FaD российская команда стала самой многочисленной. Подробнее о ее достижениях и других инициативах распределенных вычислений, можно прочесть на сайте