Мария Стюарт понимала, что нелегко будет одолеть двоюродную сестру, еретичку англичанку. Да и Шотландией управлять будет нелегко. Реформация, которая пока пустила корни лишь на континенте и в Англии, грозила прорасти и на шотландской почве. Приходские священники стали сомневаться в истинной вере. Шотландские дворяне поддерживали Реформацию: часть отобранных у церкви земель должна была перейти к ним. Они стремились укрепить свою власть за счет ослабления церкви. Королеве-католичке трудно было управлять страной неверных подданных.
В 1560 году Марии Стюарт выпало принять очередной удар судьбы — она потеряла права на французский трон. Летом 1561 года она вернулась в Шотландию. Положившись на двуличных политиков, сеявших распри и раздоры, прислушиваясь больше к велению сердца, чем к доводам рассудка, королева Мария Стюарт тем не менее сумела продержаться на троне до 1567 года. Восстание шотландской кальвинистской знати вынудило ее отречься от престола и бежать в Англию.
Елизавете предстояло сделать трудный выбор. Она глубоко верила в богоизбранность носителей королевской власти и твердо была убеждена, что трон должен передаваться по наследству. Никогда по своей воле она не запятнала бы себя причастностью к смерти Марии Стюарт. Однако политика есть политика. Англии требовались союзники на неохраняемых северных рубежах, и королева тайно поддерживала шотландских кальвинистов. Мария Стюарт отреклась в пользу своего сына Якова VI, которого протестанты поддерживали. Англия могла больше не опасаться вторжения со стороны своего северного соседа. Елизавета заключила Марию Стюарт в тюрьму, чтобы та не могла плести против нее интриги.
У Елизаветы Тюдор не было наследников, поэтому католичка Мария Стюарт получила бы корону в случае смерти королевы Англии. Елизавета прекрасно понимала, что в любой момент ее могут свергнуть с престола и посадить на трон Марию Стюарт. Тогда будет восстановлена прежняя вера и к власти придут католики. Кровавый переворот мог дорого стоить Англии.
В годы своего правления Елизавета как могла удерживала мир с соседями и укрепляла армию, а в особенности флот, мечтала сделать его таким, чтобы он превосходил флот ее могущественных врагов. Королева английская оказалась весьма искусной в дипломатической игре. Нужно было во что бы то ни стало сохранить мир. Если начнется война, ее стране грозит нечто страшнее, чем крах экономики и разграбление королевской казны. Придется повышать налоги, а это грозит мятежом в стране. Война с католическими державами закончилась бы крахом протестантской Англии.