Прежде всего предстояло покончить со стрельцами и со старым порядком вообще. Прямо с дороги, не повидавшись с семьёй, Пётр проехал к Анне Монс, потом на свой Преображенский двор. На следующее утро, 26 августа 1698 г ., он собственноручно начал стричь бороды у первых сановников государства. Стрельцы были уже разбиты Шеиным под Воскресенским монастырём и зачинщики бунта наказаны. Пётр возобновил следствие о бунте, стараясь отыскать следы влияния на стрельцов царевны Софьи. Найдя доказательства скорее взаимных симпатий, чем определённых планов и действий, Пётр тем не менее заставил постричься Софью и её сестру Марфу. Этим же моментом Пётр воспользовался, чтобы насильственно постричь свою жену, не обвинявшуюся в прикосновенности к бунту. Брат царя Иоанн умер ещё в 1696 г .; никакие связи со старым не сдерживают больше Петра, и он предаётся со своими новыми любимцами, среди которых выдвигается на первое место Меншиков, какой-то непрерывной вакханалии, картину которой рисует Корб. Пиры и попойки сменяются казнями, в которых царь сам играет иногда роль палача. С конца сентября по конец октября 1698 г . было казнено более тысячи стрельцов. В феврале 1699 г . опять казнили стрельцов сотнями. Московское стрелецкое войско прекратило своё существование.
Указ от 20 декабря 1699 г . о новом летосчислении формально провёл черту между старым и новым временем. 11 ноября 1699 г . был заключён между Петром и Августом тайный договор, которым Пётр обязывался вступить в Ингрию и Карелию тотчас по заключении мира с Турцией, не позже апреля 1700 г .; Лифляндию и Эстляндию, согласно плану Паткуля, Август предоставлял себе. Мир с Турцией удалось заключить лишь в августе. Этим промежутком времени Пётр воспользовался для создания новой армии, так как «по распущении стрельцов никакой пехоты сие государство не имело». 17 ноября 1699 г . был объявлен набор новых 27 полков, разделённых на 3 дивизии, во главе которых стали командиры полков Преображенского, Лефортовского и Бутырского. Первые две дивизии (Головина и Вейде) были вполне сформированы к середине июня 1700 г .; вместе с некоторыми другими войсками, всего до 49 тыс., они были двинуты в шведские пределы на другой день по обнародовании мира с Турцией (19 августа). К неудовольствию союзников, Пётр направил свои войска к Нарве, взяв которую он мог угрожать Лифляндии и Эстляндии. Только к концу сентября войска собрались у Нарвы; только в конце октября был открыт огонь по городу. Карл ХII успел за это время покончить с Данией и неожиданно для Петра высадился в Эстляндии. Ночью с 17 на 18 ноября русские узнали, что Карл XII приближается к Нарве. Пётр уехал из лагеря, оставив командование принцу де Круа, незнакомому с солдатами и неизвестному им — и восьмитысячная армия Карла XII, усталая и голодная, разбила без всякого труда сорокатыcячное войско Петра.