В конце концов усилия Лисандра увенчались полным успехом. В 405-404 годах до н.э. флот и армия Пелопоннесского союза осадили Афины с моря и суши.
Афины, защищённые высокими и мощными крепостными стенами, были почти неуязвимы с суши. Однако этого нельзя было сказать об афинских морских воротах Пирее, которые были открыты со стороны моря. Осенью 405 года до н.э. корабли Лисандра блокировали пирейский порт.
Афиняне были преисполнены решимости выстоять в осаде и переломить ход войны. Лидеру афинских демократов Клефонту удалось на общем собрании свободных граждан города-государства провести закон, согласно которому каждый, кто заговорит о мире со Спартой, предавался смертной казни.
Но теперь Афины оказались в чрезвычайно тяжёлом положении. Запасов продовольствия в городе было очень мало. Вместе с голодом начались эпидемии, от которых умерло много людей. В осаждённых с моря и с суши Афинах началась нешуточная внутриполитическая борьба между сторонниками олигархии и демократии. Она закончилась тем, что Клефонт был свергнут, предан безжалостному суду и публично казнён. Его казнь по сути дела стала концом демократического правления в Афинах.
В апреле 404 года до н.э. Афины после шестимесячной осады капитулировали перед Спартой. Условия мира, продиктованные им Лисандром, были крайне суровы и унизительны. Они преследовали одну цель — уничтожить военное и политическое могущество поверженного противника. Афинский морской союз прекратил своё существование.
В городе по требованию победителей ликвидировался демократический строй правления и устанавливалось олигархическое правление «тридцати тиранов» — олигархической коллегии из 30 человек, бывших у власти в Афинах в апреле — декабре 404 года до н.э. Их власть Лисандр поддерживал военной силой. Эмигранты, которые подверглись гонениям со стороны афинской демократии, подлежали амнистии. Но при всём этом Афины, согласно заключённому мирному договору, сохраняли свою государственную независимость.
Лисандр одновременно позаботился о полной ликвидации военной мощи Афин. Кроме Аттики теперь во владении Афин оставалось всего четыре острова в Эгейском море. Почти весь афинский военный флот (за исключением 12 небольших сторожевых кораблей) отошёл победителям. По требованию Лисандра были срыты пирейские стены и другие городские укрепления. Тем самым Афины лишались реальной возможности воссоздать свою военную мощь.
В результате Пелопоннесской войны Афины ушли с политической арены, и гегемоном Древней Греции стала Спарта.
Лисандр, при финансовой поддержке Персии, приобрёл огромную силу и влияние не только в родной Спарте, но и во всей Греции. В зависимых от Спарты городах-государствах его поддерживала местная олигархия, аристократические круги в лице недавних противников афинской демократии.