Персидское войско занимало удобную позицию на правом берегу реки Пинар, пересекавшей равнину Исса. Незаметно обойти её с флангов было просто невозможно. Царь Дарий III, по всей видимости, решил устрашить пришельцев в свои владения одним видом своего огромного войска и добиться полной победы, будучи уверен в своей мощи. Поэтому он не стал торопить события в день битвы и отдал противнику инициативу начала сражения. Это дорого ему обошлось.
Александр первым начал атаку, двинув вперёд фалангу копьеносцев и конницу, действовавшую на флангах. Тяжёлая македонская конница (кавалерия «товарищей») под командованием самого царя ринулась в атаку с левого берега реки. Своим порывом она увлекла в битву македонцев и их союзников, настроив на победу. Сперва Александр не мог добиться видимого успеха над огромным вражеским войском. Но в конце концов победа была одержана во многом благодаря тому, что македонский царь лично возглавил удар в самый центр неприятельской позиции, где на возвышении находился Дарий со своими сатрапами.
Ряды персов смешались, и они обратились в бегство. Вновь, как и на реке Граник, первой побежала с поля битвы многотысячная персидская лёгкая конница. Дольше всего бились греческие наёмники Дария, чья фаланга находилась в самом центре персидского войска. Здесь противоборство шло с таким огромным упорством, что Александру пришлось бросить в гущу битвы собственных телохранителей. Македонская конница долго преследовала бежавших, но поймать Дария так и не смогла. Персидские потери были огромны, возможно, более 50 тысяч человек.
Походный лагерь персидского войска вместе с семейством Дария достался победителям. Стремясь завоевать симпатии населения захваченных земель, Александр проявил милосердие к жене и детям Дария, а пленённым персидским воинам разрешил, при их желании, вступить в ряды македонской армии, в её вспомогательные отряды. Многие пленённые персы воспользовались такой неожиданной возможностью избежать позорного рабства на греческой земле.
Поскольку Дарий с остатками разгромленного войска бежал далеко, к берегам реки Евфрат, Александр Македонский двинулся в Финикию с целью завоевать все восточное, сирийское побережье Средиземного моря. В это время он дважды отклонил предложение персидского царя о мире. Великий полководец древности мечтал только о покорении огромной персидской державы. Иной цели в походе на Восток он перед собой не ставил.
В Палестине македонцы встретили неожиданное сопротивление финикийского города-крепости Тира (Сур), расположенного на острове вблизи берега. Тир был отделен от суши полосой воды в 900 метров. Город имел высокие и крепкие крепостные стены, сильный гарнизон и эскадру, большие запасы всего необходимого, а его жители были полны решимости с оружием в руках защитить родной Тир от иноземного войска.