В 1892 году академия была закрыта «как центр сосредоточения неблагонадежных профессоров и студентов». На ее место предполагалось перевести в Петровско-Разумовское Тверское кавалерийское училище, и только острая потребность в специалистах вынудила правительство в 1894 году восстановить академию под именем Московского сельскохозяйственного института.
Изменилось название, но не изменились настроения учащихся — свидетельством тому становятся события 1905 года. В знак протеста против Кровавого воскресенья студенты бастуют вместе с москвичами. 31 июля и 1 августа в сарае молочной фермы института происходит учредительный съезд Всероссийского крестьянского союза, собравший сто крестьян — представителей двадцати двух губерний. Их выступления требовали полной и безвозмездной экспроприации помещичьих земель. Максим Горький восторженно напишет по этому поводу в одном из своих писем: «Крестьянский съезд прошел великолепно. Нечто неожиданное и оглушительное по результатам, впечатление — поразительной силы, полупроснувшегося сознания, сразу же ставшего на верный путь».
Между тем в парке Петровско-Разумовского происходят нелегальные рабочие собрания, упражняется в стрельбе боевая дружина печатников Городского района. После разгрома Декабрьского вооруженного восстания в институте вновь проводится повальный обыск. И тем не менее в декабре 1906 года здесь открывается заседание III Областной партийной конференции Московского комитета РСДРП. «Бунтарский дух своеволия и независимости», как определяет его один из документов полицейского сыска, в Петровско-Разумовском неизменно продолжал жить.
К этому времени былая усадьба значительно меняет свой облик. От XVIII века сохраняются (вплоть до наших дней) два флигеля, белокаменный грот и парк с прудами, главный же дом усадьбы перестраивается по проекту Николая Леонтьевича Бенуа.
Выпускник Петербургской академии художеств, Н. Л. Бенуа свою первую профессиональную практику проходит в 1836–1840 годах под руководством К. А. Тона, после чего уезжает на шесть лет пенсионером академии за границу. В 1847 году он получает звание академика и зачисляется на службу в Кабинет его императорского величества. Его работы получают полное одобрение двора, так что молодой архитектор строит одни за другими придворные конюшни, госпиталь, кавалерские корпуса и вокзал в Петергофе, выдержанные в так называемом псевдоготическом стиле, станции Стрельна, Сергиево, Красное Село, римско-католическую церковь в Петербурге, а также летний театр в Павловске, театр в Хельсинках, многочисленные доходные дома. Обращение архитектора к Москве было вызвано первоначальной идеей приобретения Петровско-Разумовского в собственность Дворцового ведомства. Дворец Разумовских также приобретает черты псевдоготики, которая особенно удавалась Н. Л. Бенуа и пользовалась успехом у заказчиков.