Единство церкви и нерушимость веры обретают для Иоакима особый смысл к концу 1670-х годов. Он — автор ряда любопытных полемических сочинений: «Извещение о чуде» и «О сложении трех перстов», изданных в 1677 году. Годом позже принимает решение упразднить во всех городах, кроме Москвы, древнейший обряд шествия на осляти в Вербное воскресенье. В Москве же оно должно было приобрести смысл похвального действа, изображающего перед народом образ царского смирения перед Царем Небесным. Но и церковным — на осляти восседал патриарх, около шел, символически придерживая поводья, царь.
О. Бове. Церковь Богоматери Всех Скорбящих Радости. Фрагмент пола.
Между тем в Москве начинаются волнения по поводу чисто догматического вопроса о времени так называемого пресуществления Святых Даров, которому Иоаким придает исключительное значение: и потому, что волнения совпали с появлением в России иезуитов, и потому, что среди высшего духовенства и боярства в его решении многие склоняются к католицизму. Достаточно сказать, что такова позиция Симеона Полоцкого, воспитателя всех старших царских детей и ближайшего советника царевны Софьи Сильвестра Медведева.
Чтобы пресечь ненавистные ему влияния, кир-Иоаким обращается за поддержкой к восточным патриархам. Именно в это время в Москву впервые присылается «Православное исповедание» Петра Могилы. На стороне патриарха в споре принимают участие братья Лихуды, выписанные им для занятий в Славяно-греко-латинской академии, образованной из греческой школы, которую Иоаким открывает при поддержке царя Федора Алексеевича в 1679 году. Через десять лет основанная на догматических расхождениях вражда приведет Сильвестра Медведева к мысли о необходимости убить святейшего. Но дело Шакловитого не только привело к осуждению Медведева — оно дало возможность Иоакиму добиться высылки из Москвы иезуитов.
И неожиданная подробность. В своей заново устроенной на Патриаршьем дворе церкви Двенадцати Апостолов Иоаким приказывает поставить вверху иконостаса Распятие с предстоящими — прием, вскоре распространившийся по всей России, хотя сам по себе он свидетельствовал о западном влиянии.
Иоаким оказывается настолько дальновидным, что для отстаивания ортодоксального православия начинает готовить высокообразованных проповедников и учителей. Расчетливый во всех расходах, он никогда не считается с деньгами в отношении академии и школы при Печатном дворе — двух основных учебных заведений. Обычно два раза в год он посещает их с щедрой раздачей денежных поощрений ученикам и педагогам. В январе 1684 года 168 младших учеников получают по денежному калачу, двадцать три старших по двуденежному, «да ученикам первым и над прочими надсматривальщикам, названным старостам Силке Семенову 2 рубля, Власку Абрамову да Андрюшке Осипову по рублю». В январе 1687 года преподаватели братья Лихуды Сафроний и Аникий получают по пяти золотых, «да учеником боярина князь Юрья Михайловича Одоевского детям его, князь Михаилу, да князь Петру, да кравчего Бориса Алексеевича Голицына сыну его князь Алексею, да дьяка Василья Посникова, сыну его Петру, по золотому одинакому».