После его отъезда Заморин в союзе с другими князьями Малабарского побережья и отрядами моплахов снова осадил Кочин. Он напал на португальцев с суши, где собрал 46 тысяч бойцов, и с моря, откуда португальцам угрожал флот в 280 кораблей.
Но Пашеко Перейра и сто португальцев кочинского гарнизона, а также войска Кочина проявили поразительную храбрость и изобретательность. Отражая яростные атаки войск Заморина на форт, они ухитрялись делать смелые вылазки, неожиданно появлялись в тылу врагов и наносили им ответные удары. Позднее к Кочину подошли суда португальской эскадры, крейсировавшей в море, и Заморину пришлось ограничиться осадой Кочина с суши. После пятимесячных боев Заморин принужден был снять осаду и возвратиться в Каликут.
Защита Кочина показала всю силу и слабость португальцев в Индии. Дисциплинированные, прекрасно вооруженные, закованные в латы, снабженные мощными быстроходными кораблями, португальцы могли побеждать своих многочисленных врагов. Но отсутствие устойчивой базы делало португальскую торговлю, да и самое могущество португальцев в Индии, зависимыми прежде всего от флота.
Пока флот находился в Индийском океане, португальцы были почти непобедимы, но когда флот возвращался на родину, ставились под угрозу не только все позиции, захваченные португальцами, но и самая их жизнь. В Индии необходимо было создать постоянный флот и армию и прежде всего упорядочить управление португальскими силами, чтобы не приходилось каждый раз посылать на Восток новую эскадру с новым командиром.
По совету Васко да Гамы, король Маноэль учредил звание вице-короля Индии. Вице-король посылался в Индию на три года. К востоку от мыса Доброй Надежды его слово было законом.
Первым вице-королем был назначен Франсиско д'Альмейда.
Отплытие его в Индию было ускорено непредвиденным обстоятельством. Арабские купцы, торговавшие с Индией, стали жаловаться турецкому султану на насилия португальцев.
Турки уже почувствовали, как быстро отозвалось появление португальцев в Индии на резком снижении доходов Турции и Египта от торговли пряностями. Поэтому турецкий султан пригрозил, что если бесчинства португальцев не прекратятся, он прикажет разрушить христианские «святыни» в Иерусалиме, в Вифлееме и на Синае. Настоятель одного из крупнейших синайских монастырей отправился к папе, чтобы просить воздействовать на португальцев.
Но король Маноэль, всюду прикидывавшийся «защитником христианства», относился к судьбам палестинских «святынь» совершенно равнодушно. Он поспешил отправить на Восток новые войска, не дожидаясь нежелательного вмешательства папы.