С изгнанием евреев и мавров Португалия лишилась многих искусных ремесленников и торговцев. Португальские купцы и ремесленники были слишком слабы, чтобы занять место изгнанников.
Сама политика португальских королей препятствовала образованию крупной купеческой прослойки, Очень рано почти все виды торговли с Индией были объявлены королевской монополией. Эта монополия распространялась, в частности, на торговлю перцем, имбирем, мускатным орехом, мускатным цветом, гвоздикой, корицей, бразильским деревом.
Королевские монополии очень затрудняли развитие и без того хилой португальской буржуазии. Очень скоро в торговле и ремеслах Португалии стали играть решающую роль иноземцы, выходцы из стран, более развитых экономически, чем Португалия. Торговля и ремесла целиком перешли в руки иностранцев – фламандцев, немцев, венецианцев, ломбардцев, флорентинцев.
В Португалии все более усиливались власть короля и гнет католического духовенства. Но сами португальские феодалы не умели удержать сокровищ, добытых грабежом и торговлей на Востоке. Они тратили огромные средства на пиры, наряды и турниры, на «дела благочестия». Очень скоро большинство знатных семей Португалии запуталось в долгах и заложило свои драгоценности у ломбардских ростовщиков. Остальное население Португалии – крестьяне, моряки и рыбаки – жило слишком бедно и на свои нищенские заработки не могло покупать восточные товары. Начался застой. Восточные товары, золото, драгоценные камни и пряности просачивались через Португалию и обогащали другие страны – Голландию, Англию, долину Рейна.
В самой португальской колониальной империи было неблагополучно. Только немногие люди, подобно Аффонсо д'Альбукерку, мечтали о великой колониальной империи на Востоке. Большинство португальских командиров считало, что Индия нужна Португалии только как арена для пиратства и место скупки пряностей.
Поборы, издевательства, грабежи и зверские жестокости, лицемерие и коварство вооружили против португальцев население восточных стран. Индусская поговорка того времени гласила: «Счастье, что португальцев так же мало, как тигров и львов, – иначе они истребили бы весь род человеческий».
Все португальцы в Индии получали паек от казны. Они считали себя господами и гнушались всякой работы, взваливая все на плечи многочисленных рабов, а торговлю предоставляли индусам и маврам. Каждый проходимец, приезжавший из Португалии, претендовал в Индии на титул «дом» и старался окружить себя рабами. Толпы бездельников, целыми днями игравших в кости и карты, жевавших бетель или куривших опиум, наполняли португальские владения на Востоке. В 1539 году из 16 тысяч португальцев, живших в Индии и получавших казенный военный паек, можно было рассчитывать только на 2 тысячи человек, если бы понадобилось привлечь в армию гражданское население. Среди португальских солдат очень скоро оказались и предатели. Уже в 1510 году, когда д'Альбукерк осаждал Гоа, на стороне его противников сражался отряд португальских ренегатов под командой Фернао Лопеша.