Московские правители (Иван III, Иван IV, Борис Годунов и др.) стремились ограничить «буйства» казаков, прекратить приток к ним беглых из внутренних русских областей. Принимали суровые меры — натравливали на них соседей (например, ногайцев, казахов, калмыков и др.), требовали от своих воевод в пограничных районах хватать казаков и беглых людей, сажать их в тюрьмы и казнить. Особенно жестоко расправлялись власти с участниками восстаний. Так, в ходе Второй крестьянской войны от рук карателей погибло более 100 тысяч повстанцев. То же творилось и в других случаях.
Жизнь казаков была нелегкой. В суровой борьбе с внешними и внутренними врагами приходилось отстаивать свое право на существование. Военные походы, тяжелый труд, опасности, угрожавшие со всех сторон, закаляли характер казака измлада, делали его суровым, отважным, вольнолюбивым. С ранних лет он должен был быть прекрасным наездником, хорошо владеть оружием — саблей, копьем, ружьем и, если необходимо, стрелять из пушки. Географ И. Георги, посетивший Яик в 1770 году, писал о тамошних казаках, что они «здоровые, бодрые и сильные люди…, необузданы…, решительны и храбры». За год до него здесь же побывал П. Паллас, по словам которого казаки «добронравный и чистоту наблюдавший народ», «ростом велик и силен, да и в женском поле немного находится малорослых».
Яицкие казаки, как и донские и другие, попали под контроль Москвы, правда, не сразу. Предания, сохранявшиеся в XVIII веке, связывали это с именем царя Михаила Федоровича — первого из династии Романовых (1613—1645). Уже упоминавшийся атаман Ф. Михайлов в «распросных сказках» (показаниях) поведал, что в свое время их предки были «людьми вольными», «жили они… немалое время своевольно, ни под чьею державою». Но однажды они, «собравшись, думали, у кого им быть под властию». Думали долго, наконец «послали от себя двух казаков — русского да татарина — к государю Михаилу Федоровичу с челобитьем, чтоб он, великий государь, их пожаловал, принял под свою протекцыю». Тот согласился и приказал дать казакам грамоту — им во владение жаловались-де Яик и земли около него «с вершин той реки до устья», они получали право «набираться на жилье вольными людьми», «служить казачью службу по обыкновению».
Трудно сказать, насколько рассказ атамана соответствовал действительности. Во всяком случае, яицкие казаки исходили в своей повседневной жизни из тех норм, которые упоминаются в условиях помянутой «протекцыи». Главное из них, конечно, — это неограниченный прием беглых, всякого рода вольных, охочих людей; это право формулировалось в известной тогда поговорке: «С Дона выдачи нет», одинаково применявшейся во всех казачьих областях. Правда, право это все больше стеснялось, особенно в XVIII веке. Петр I, например, послал в 1707 году на Дон карательный отряд князя Ю. Долгорукого, начавший жестокий розыск и возвращение беглых их владельцам. Но донцы во главе с К. Булавиным перебили всех карателей (около тысячи человек), и так началась Третья крестьянская война в России, продолжавшаяся до 1710 года. После ее подавления независимость Войска Донского была сильно стеснена.