Та же угроза надвигалась и на Яицкое войско. Так, в 1718 году на Яик прибыли поручик Темецкий и Кротков. Многих выявленных беглецов они вернули помещикам; непослушных, возражавших казаков били «смертным боем», выполняя царский указ — «с Яику пришлых помещиковых людей и крестьян отдавать по-прежнему помещикам с того году, как таковых отдавать велено с Дону» (то есть выдавать всех бежавших после 1695 года). Тогда же, по указу 3 марта 1721 года, казаков передали из ведения Коллегии иностранных дел в Военную коллегию.
Положение яицких казаков сильно ухудшается. Они протестуют, посылают станицы в Петербург, возлагая надежды на «доброту» царя, сетуя на его «неосведомленность», но всякий раз терпят неудачу. Их наивные иллюзии, вера в «хорошего» царя наталкивались на жестокость и непримиримость власть имущих во главе с их императорами и императрицами.
Правительства, одно за другим, шлют на Яик следственные комиссии, арестовывают челобитчиков, понуждают казаков к повиновению, неуклонно вводят новые порядки и правила, подчиняя Яик своему жесткому контролю. В этом они находили поддержку со стороны яицкой старшины, богатых казаков (домовитые, «послушная сторона»), которые стремились к сговору с властями в ущерб интересам основной массы бедных казаков (непослушные, «войсковая сторона»).
В марте 1723 года комиссия во главе с полковником Захаровым при содействии войскового атамана Мер-кульева в ходе розыска арестовала и приговорила к казни предводителей непослушных казаков, в том числе Ф. Рукавишникова, который незадолго перед этим ездил в столицу с челобитной. Он был арестован и выслан на Яик, где и погиб. В этом и следующем году на Яике провели перепись. После нее годными к службе признали только около 3,2 тысячи человек, остальные (а их было намного больше) потеряли казачьи права. Атаман и старшины стали, по существу, назначаться властями. Заменили старые воинские знаки: войсковой атаман вместо прежней насеки (посох в виде булавы, олицетворявший его власть) получил из столицы новую, «с надписью и государственным гербом»; оттуда же поступили новые клейноты — знамена, трубы.
Всем этим остались довольны лишь войсковой атаман и старшина — распоряжения Петербурга если и не избавляли их полностью от контроля круга, то, во всяком случае, значительно его ослабляли. В 30—40-е годы царские власти назначали войсковыми атаманами своих ставленников — Прыткова, И. Бородина, А. Бородина (его даже произвели в подполковники). Последний, управляя Яицким войском два десятилетия — с 1748 по 1768 год, допускал такие злоупотребления и издевательства над рядовыми казаками, что даже правительство вынуждено было его сместить и назначить нового атамана — Тамбовцева. Впрочем, он оказался ничуть не лучше своего предшественника.