Пугачев и его сподвижники на правобережье Волги создали новую большую армию. Пополнялась она и организованно, путем мобилизации по указам и манифестам, и прежде всего стихийно. По боевым качествам она далеко уступала той главной армии, которая осаждала Оренбург и Яицкий городок. Состав ее был непостоянным, часто менялся. Одни партии восставших вступали в нее, другие — по мере ее удаления к югу — покидали Пугачева, оставались в родных местах, продолжали здесь борьбу. Яицких казаков в армии было теперь мало. Отсутствовала башкирская и калмыцкая конница. Не было важной опорной базы, как уральские заводы. Крепостные крестьяне, составлявшие основную массу главной армии и местных отрядов, военное дело не знали.
В Саранск Пугачев вступил 27 июля. Повторились церемония встречи, раздача денег и соли из казны, расправы с помещиками и чиновниками (62 человека); в том числе от рук повстанцев погиб предводитель дворянства отставной генерал-майор Сипягин.
Между тем по пятам Пугачева спешили каратели — отряды Меллина и за ним Михельсона. Граф Меллин, преследуя Пугачева, проходил по опустевшим, разоренным селениям. «Какое это наказание божие, — писал он в рапорте Щербатову, — которое я вижу: бедные дворяне — по дорогам который повешен, у которого голова отрублена, у которого ноги и руки отрублены, и разными другими муками, которые себе представить неможно, неисчисленно много истреблено». Граф, сообщая об этом, не мог, конечно, как представитель дворянства, оставаться равнодушным, не мог понять, что описанные им расправы представляли собой справедливые акты классовой мести угнетенных по отношению к угнетателям. Аналогичные сообщения власти получали из всех районов Крестьянской войны. Михельсон, действовавший в районе Арзамаса, затем Саранска, писал, что «окрестность здешняя генерально в возмущении, и всякий старается из здешних богомерзких обывателей брать друг у друга преимущества своими богомерзкими поступками»; около Саранска «немалое число дворян с женами и детьми лишены жизни, то же самое и прикащики. Многих мне удавалось освобождать, только везде поспеть нет способов, потому что нет почти той деревни, в которой бы обыватели не бунтовали и крестьяне не старались бы сыскивать своих господ или других помещиков или прикащиков к лишению их бесчеловечным образом жизни». Каратели на каждом шагу сталкивались с «шайками» восставших, вели с ними бои, что их задерживало. Это же давало возможность Пугачеву ускользать от них. Он быстро продвигался на юг; по словам А.С. Пушкина, Пугачев бежал, но это бегство «казалось нашествием».