Время, в которое жил Пугачев, было богато войнами. Славу русскому оружию добывали солдаты Суворова и Румянцева, моряки Ушакова и Спиридова… Шесть лет спустя после войны с Пруссией начинается война с Турцией. Пугачева зачисляют в команду полковника Ефима Кутейникова. Два года он служил в действующей армии, в составе войск П.И. Панина — будущего душителя Пугачевского восстания. Опять Емельян участвует в сражениях, в том числе под Бендерами, снова проявляет «отличную проворность» и храбрость. Пугачев получает за воинские заслуги чин хорунжего — младший офицерский чин у казаков.
Боевой казак, ставший офицером, вероятно, выделялся среди однополчан не только храбростью на поле боя. Чувствуется, что и в кругу товарищей он стремился быть не на последнем месте, «произвесть себя, — по его словам, — отличным от других». Ему свойственно несомненное честолюбие; будучи по натуре живым и сметливым, он стремился обратить на себя внимание окружающих — ему «отличным быть всегда хотелось». Характерен в этом смысле один эпизод. У него была, очевидно, хорошая сабля. Он не раз, вероятно, показывал ее товарищам по службе. А однажды Емельян стал уверять их, что оружие подарено ему не кем иным, как Петром Первым, который-де был его крестным дедом, хотя тот умер более чем за полтора десятилетия до его появления на свет.
Так текла служба. Случалось всякое — хорошее и плохое. После взятия Бендер полк Кутейникова отвели на зимние квартиры в село Голую Каменку близ Елизаветграда (ныне Кировоград). Здесь храброго хорунжего, которого не брали ни пуля, ни сабля, одолела хворь — «гнили у него грудь и ноги». Емельян, вероятно, простудился; он сильно страдал физически и потому вскоре снова оказался на Дону. Дело в том, что Кутейников послал по приказу командования сотню казаков домой для «исправления лошадьми» — для пополнения полка конским составом, поредевшим в военных походах. В нее включили и больного Пугачева.
В родной станице он продолжал болеть и в армию не возвратился. Вместо себя нанял казака Михаила Бирюкова, дал ему для службы две лошади с седлами, зипун, бурку, саблю, 12 рублей денег, «харч всякий». Стоило все это, конечно, немалые деньги. Больного Емельяна навещают станичники. Старые казаки советуют ему ехать в Черкасск — столицу Войска Донского — проситься в отставку. Тот так и поступает.
Летом 1771 года станичный атаман Трофим Фомин вручает ему паспорт, и Пугачев отплывает на лодке вниз по Дону в Черкасск. Дома остаются жена Софья, сын Трофим и дочери Аграфена и Христина. В Черкасской войсковой канцелярии (было это 11 или 12 июля) он предъявляет свой паспорт.