«Неотступная просьба» зятя наконец сломила упорное нежелание Емельяна. Во всяком случае, так он потом рассказывал во время допросов. Нужно сказать, что и в этом, и в других случаях Пугачев старался на следствии отрицать или преуменьшать свою роль в тех или иных событиях.
Несмотря на просьбы и слезы матери и жены, он сказал, что перевезет беглецов через Дон и вернется, сам на Терек не поедет. Посадив беглецов в лодку, он отплыл вниз по реке; проплыв верст семь, высадил их на другой стороне Дона, а сам повернул назад.
Прошло месяца полтора. Павлов и его спутники, не найдя дорогу на Терек, вернулись в Зимовейскую. Их арестовали, и на допросе оаи признались во всем. Властям стало известно и о том, что Пугачев тоже собирался бежать с Дона и к тому же перевез Павлова и других на ногайскую сторону. Над головой Пугачева сгущаются тучи, и он, схватив лошадь, бежит в степь. Но недели через две кончился хлеб, и он под покровом ночи крадется домой. Там совсем неладно — арестованы и отправлены в Черкасск мать и зять, ищут его самого.
Пугачев наскоро собирается и быстро, чтобы обогнать арестованных, мчится в донскую столицу, является к уже знакомому дьяку Колпакову в войсковой канцелярии.
— Я слышу, — говорит он ему, — что про меня говорят, будто я бежал; а я не бежал, вот и паспорт.
— На кой же черт пишут, что ты бежал? — выразил неудовольствие дьяк, возвращая ему паспорт.
Пугачев вздохнул свободно, но ненадолго. На следующий день в Черкасск привезли арестованных, и зять повторил показания. На этот раз Колпаков приказал взять под стражу Пугачева, но он вернулся в свою станицу. Здесь его арестовали. Две ночи он просидел в станичной избе, потом бежал, скрывался в камышах на болоте. Но продолжаться долго это не могло — наступали осенние холода, есть было нечего; на третий день, как потом показывал Пугачев на допросе, «пошел в дом свой и, пришед, сказал жене, чтоб она никому не сказывала; и прожил в доме своем почти весь Филиппов пост скрытно. В доме же его не сыскали, потому что не могли старшины думать, чтобы, наделав столько побегов, осмелился жить в доме своем».
23 декабря 1771 года Емельян уехал на Терек. Если его там примут, объяснил он на прощание жене, то и за нею приедет.
Переправившись через Дон, Пугачев направился к поселениям терских казаков. В середине января приехал в станицу Ищорскую, а оттуда — в станицу Дубовскую. Здесь находился атаман Терского казачьего войска Павел Татаринцев (Татаринов). Он услышал от явившегося к нему Пугачева, что тот — донской казак, вместе со своими товарищами в прошлом году прибыл на Терек для поселения и просит, чтобы его записали в войско. Атаман, не зная, что перед ним беглый, зачислил его в казаки станицы Каргалинской, потом Дубовской. Позже Пугачев перебрался в Ищорскую. В ведомости о нем было записано: «Емельян Пугачев письменного вида не имеет. Донского войска. Желает в семейном войске быть казаком».