Критики сопоставляли «Мысль» с повестью В. Вересаева «На повороте»: «Герой рассказа г. Андреева во многих отношениях антипод героям повести г. Вересаева. Главное и существенное различие между ними состоит в том, что герои повести Вересаева хотят посвятить себя благу общему и в этом своем стремлении доходят до самоотвержения, а герой рассказа г. Андреева не знает другого Бога, кроме себя самого <…> По типу своему доктор Керженцев отчасти человек из подполья, только проявившийся в условиях 90-х годов, отчасти Раскольников навыворот. Характер Керженцева имеет две главные черты: самомнение, доходящее до мании величия, и злобность почти дьявольскую». И далее: «Только в обществе, преданном служению кумирам, преимущественно кумиру материального благополучия, гибнут люди с высокими идеалами и родятся странные нравственные уроды, идеалисты наизнанку, мечты которых идут не в вышину, а в бездну. Горе такому обществу <…> Вот в чем, по нашему мнению, смысл произведения г. Андреева, удивительного не только по глубине содержания, но и по художественности исполнения, — произведения, над каждым словом которого можно и нужно думать, потому что и сам автор его глубоко задумывается над жизнью» (Ф. С. Журнальное обозрение. Идеалисты высот и идеалисты бездны. — «Северный край», 1902, № 206, 207, 6 и 8 августа).
Недовольство критики «Мыслью» Андреев объяснял художественными недостатками рассказа. В июле — августе 1902 г. он признался в письме В. С. Миролюбову о «Мысли»: «Мне она не нравится некоторою сухостью своею и витиеватостью. Нет великой простоты» (ЛА, с. 95). После одного из разговоров с М. Горьким Андреев сказал: «…Когда я напишу что-либо особенно волнующее меня, — с души моей точно кора спадает, я вижу себя яснее и вижу, что я талантливее написанного мной. Вот — „Мысль“. Я ждал, что она поразит тебя, а теперь сам вижу, что это, в сущности, полемическое произведение, да еще не попавшее в цель» (Горький М. Полн. собр. соч., т. 16, с. 337).
Между тем среди читателей и критиков распространился слух, что и сам Андреев имел печальную возможность «познакомиться» с психиатрией в одной из специальных клиник. Слух этот повторил врач-психиатр И. И. Иванов в своем докладе о рассказе «Мысль», прочитанном в Петербурге на заседании Общества нормальной и патологической психологии. 21 февраля 1903 г. Андреев направил письмо в газету «Биржевые ведомости», в котором заявлял: «Никогда во всю мою жизнь я не страдал никакими психическими заболеваниями (…) Пока слух о моем бывшем и даже настоящем сумасшествии был достоянием улицы, я не считал нужным делать какие бы то ни было возражения. Но теперь он приводится в строгом научном докладе как факт и как таковой перепечатывается газетами — и ради интересов истины я прошу напечатать настоящее разъяснение. Оно тем более необходимо, что известная часть публики и критики питает склонность связывать сюжеты литературных произведений с личной жизнью их авторов…» («Биржевые ведомости», 1903, № 103, 27 февраля.) И. И. Иванов принес Андрееву извинения («Биржевые ведомости», 1903, № 107, 1 марта).