Саддаму удалось перейти сирийскую границу, и он был тепло встречен руководством Баас, тогда еще участвующим в правительстве Объединенной Арабской Республики. Мишель Афляк, отец-основатель партии и ее главный идеолог, как говорят, лично заинтересовался молодым политэмигрантом и продвинул его до высшего партийного ранга, сделав действительным членом партии. Хотя Афляк впоследствии вспоминал, что он познакомился с Саддамом только после 1963 года, вряд ли можно сомневаться, что между ними быстро возникло взаимопонимание. Их дружба оказалась очень выгодной для Саддама Хусейна. В 1964 году, во многом благодаря хлопотам Афляка, он был избран в высшей орган по принятию решений в иракской партии — Региональное управление. Позже Хусейн использовал престарелого духовного вождя, чтобы укрепить свои собственные идеологические посылки и узаконить свой режим. Как и у советского диктатора Иосифа Сталина, использовавшего имя Ленина как основание законности своего личного правления, у Саддама был живой Ленин, которого он мог достать в подходящих случаях, чтобы узаконить свои решения и прежде всего свое положение хранителя правильности партийного курса в противовес иным партийным группировкам. Даже смерть Афляка в 1989 году была использована для достижения политических целей Саддама. Иракский лидер распространил среди своих подданных сведения, что он лично оплатил сооружение гробницы для отца-основателя партии Баас.
В феврале 1960 года, после приятного трехмесячного пребывания в Дамаске, Саддам поехал в Каир, все еще общепризнанный центр панарабизма, поскольку Объединенная Арабская Республика еще существовала; ей суждено было продержаться до сентября 1961 года, когда Дамаск вышел из объединения. Египетская столица кишела политическими активистами и изгнанниками всех мастей, и Саддам быстро влился в это бурное сообщество. Вместе со своим близким другом Абдель Каримом аль-Шейхли, который тоже участвовал в неудачном покушении на жизнь Касема, он вступил в местную египетскую организацию партии Баас. Очень быстро Саддам стал членом ее Регионального управления. Но прежде всего в египетской столице он занимался не столько революционной деятельностью, сколько завершением своего формального образования. В 1961 году, в 24 года, он, в конце концов, окончил среднюю школу в Каире, а через год поступил в Каирский университет, чтобы изучать право.
Вопреки ожиданиям, короткий период обучения едва ли расширил его эрудицию и политический кругозор. В отличие от Запада, где университеты были подлинными духовными центрами, университетская жизнь в Египте в начале 60-х годов была интеллектуально убога. Провозглашая радикальную, даже революционную идеологию, на самом деле египетские власти безжалостно подавляли любое проявление независимой мысли на университетских территориях, навязывая «удушающее однообразие» в равной степени преподавателям и студентам. И одни, и другие часто заключались в тюрьму за свои убеждения, и их вынуждали избегать проявления нестандартных политических взглядов. Студенческие демонстрации, за исключением очень редких случаев, запрещались. Общеобразовательный уровень был исключительно низок, особенно в гуманитарных науках, получить степень по которым было совсем не трудно. Часто принимались студенты с низкими оценками, от них требовалось лишь запоминание материала, а не его интерпретация, и степень можно было получить, зазубрив, скажем, десяток книг.