Последнее обвинение особенно задело чувствительные струны Саддама, который решительно не хотел, чтобы общественность знала о его отношениях с Западом. По мере того как он удалялся от Москвы, всегда мнительный заместитель председателя начал подозревать, что грядет заговор против него со стороны ИКП с подачи Москвы. Его опасения усугубились после инспирированного Москвой переворота в Афганистане в апреле 1978 года, который привел к власти радикальный режим под руководством Нур Мухаммеда Тараки. На этом фоне Хусейн действовал быстро. Он обвинил Иракскую Коммунистическую Партию в том, что она действует под диктовку Москвы. Он обвинил ее также в нарушении принципов Национального патриотического фронта и в заговоре с целью свержения режима.
Сигнал для кровопускания был дан в мае 1978 года, когда более 20 коммунистов, уже несколько лет сидевших в тюрьме по обвинению в организации коммунистических ячеек в армии, было казнено, несмотря на призывы Советского Союза и нескольких восточноевропейских стран об их помиловании. В следующие месяцы проходила исключительно яростная кампания против ИКП. Последовали аресты, пытки и казни, многие коммунистические лидеры бежали из страны, коммунистическая партия снова ушла в подполье. К лету 1979 года ИКП фактически перестала быть политическим фактором, и Национальный патриотический фронт перестал существовать.
Уничтожение коммунистической партии совпало с планомерной ликвидацией последних курдских повстанцев. Одностороннее осуществление Саддамом Мартовского манифеста, начатое в 1974 году, продолжалось после поражения курдского восстания вслед за Алжирским соглашением. Границы спорных территорий, таких как область Киркука, были заново пересмотрены. Саддам хотел удостовериться, что курды там уже не в большинстве, а стало быть, их сепаратистские претензии в будущем будут невозможны. С этой целью он возобновил свои систематические усилия изменить демографический баланс в Курдистане насильственным переселением курдов и заменой их арабами. Действия, которые были повторены через десять лет, на конечной стадии ирано-иракской войны, когда многочисленные деревни вдоль иранской (и в меньшей степени турецкой) границы были разрушены до основания и их население переселилось в различные части страны, чтобы освободить место для «зоны безопасности» между Ираком и его соседями. Многие поселения и в других частях Курдистана также были разрушены или заселены арабами. Курды в большом количестве были переселены в южные районы Ирака, где их поселили в арабских деревнях группами не более пяти семей на деревню. К 1979 году были переселены более 200 000 курдов.